| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,276,886 | C→A | 6.8% | intergenic (+33/‑116) | garD → / → prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,276,886 | 0 | C | A | 6.8% | 312.5 / 10.4 | 89 | intergenic (+33/‑116) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/47); new base A (4/2); total (40/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
TGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGACCACTGAATCAAAGGTCACGATACGCGGACAAACAACTATCCCCGCGCCAGTGCGTGAGGCCTTAAAACTGAAGCCAGGCCAGGACAGCATTCATTACGAAATTCTGCCTGGTGGGC > NC_000913/3276621‑3277152 | tGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa < 2:222218/275‑1 (MQ=255) ggCGGTACCCGGCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa < 2:107585/274‑1 (MQ=255) ccGTCCTTAAAAGGGCAACCCCAACCGAGCTGGCGAACCGCGGGTTTGATGTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCTATACCGGCGAAGAACCTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAGACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGACCTTAGTGCCATGTTTTTa < 4:193992/274‑1 (MQ=255) tCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGt > 1:67564/1‑275 (MQ=255) aaTGGCAACCCGCACGGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAAGGCGGGAACCATCCCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAg < 1:145861/274‑1 (MQ=255) ggCAACCCGCACCGAGCTCGCGAACCGCTGTTTTTATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGcccc < 4:451237/275‑1 (MQ=255) cccGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCTGGCACCATCGCTACCGGCTAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACg < 2:30293/274‑1 (MQ=255) aCCGGGCTGGCGAACCGCTTGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCCCCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCAtt < 4:492208/275‑1 (MQ=255) gCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGGGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAAtgca < 2:371910/275‑1 (MQ=255) gAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAACTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAAtgcatt < 2:189881/275‑1 (MQ=255) 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TGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGCAACCCGCACCGAGCTGGCGAACCGCTGGTTTGATTTAATGGATATTAATGCGGGCACCATCGCTACCGGCGAAGAAACTATTGAAGAGGTGGGCTGGAAGTTGTTCCACTTTATTCTCGACGTCGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACTGACCACTGAATCAAAGGTCACGATACGCGGACAAACAACTATCCCCGCGCCAGTGCGTGAGGCCTTAAAACTGAAGCCAGGCCAGGACAGCATTCATTACGAAATTCTGCCTGGTGGGC > NC_000913/3276621‑3277152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |