| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,368,134 | A→G | 5.7% | H103R (CAC→CGC) | yhcG → | DUF1016 family protein in the PD‑(D/E)XK nuclease superfamily |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,368,134 | 0 | A | G | 5.7% | 374.4 / 8.3 | 113 | H103R (CAC→CGC) | yhcG | DUF1016 family protein in the PD‑(D/E)XK nuclease superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/55); new base G (3/4); total (53/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GACGGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAATTCACCAGACAATGTCTGGCGAATTAACACCATTGGGAATTCCGCAGACACCGTCTGCAGAATTCCCATCGGCAAAGATTTGGCAGACGCTGTCTGCCAAATCTTTCCCCTTGCCCAGGTCCACCTACGTCCGTTTACTTTCCGTTAAAAACGCTGACGCCCGCAGCTTTTATGAAAAAGAGACGCTCCGCTGTGGCTGGTCTGTTCGCCAGCTAGAGCGGCAAATTGCGACCCAGTTTTATGAGCGGACACTACTGTCACATGACAAATCAGCCA > NC_000913/3367875‑3368406 | gacgGTATTATTCATCTGGTCGATAGCGCCCGGACGGAAACGGTACGTAGCGTTAACGCGTTAATGACCGCGACGTACCAGGAAATTGGCCGACGAATTGTCGAATTTGAACAAGGTGGCGAGGCCAGGGCTGCGTATGGTGCGCAGCTAATCAAGCGACTATCAAAGGATTTATGTCTAAGGTATAAGCGTGGGTTCTCTGCAAAAAACTTACGCCAAATGAGGCTTTTTTACCTCTTTTTTCAACATGTTGAAATTCACCAGACAATGTCTgg < 2:26683/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |