| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,471,357 | C→T | 5.5% | intergenic (‑28/+43) | tufA ← / ← fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,471,357 | 0 | C | T | 5.5% | 291.3 / 4.8 | 89 | intergenic (‑28/+43) | tufA/fusA | translation elongation factor EF‑Tu 1/protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/42); new base T (3/2); total (45/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
CGTAGTGACGGGTCGGGGTGTCGTATTCAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGCAGCTGAGTTGCGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCACGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCG > NC_000913/3471098‑3471631 | cGTAGTGACGGGTCGGGGTGTCGTATTCAACGTGAGCAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCTCGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTCGTTTTCCCGTGGTCAACGTGGCCGCTAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTCCGTTCAATTTTTTCTTTAGACACTCCTATCTTCCTTCTTATATTTGTCTCCCCttaatgtacaagc > 4:532836/1‑264 (MQ=14)cGTAGTGACGGGTCGGGGTGTCGTATTCAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGc > 2:5078/1‑275 (MQ=255)cGTAGTGACGGGTCGGGGTGTCGTATTCAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGACAGTACCAACGTTACAGNGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTTTTGAGAAACGGTTATATTCCTTACTATATTTGTCTCCCCtttctgaaagaga > 3:125361/1‑264 (MQ=14) ggACGGGTCGGGGTGTCGTATTGAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTGTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACgg < 1:50007/273‑1 (MQ=255) gTCGGGGTGTCGTATTCAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACggg > 1:7016/1‑269 (MQ=255) gggtggTATTCAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGGGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGGACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTAtt < 4:23002/269‑1 (MQ=255) ttCAACGTGAGAAGTGTTGATGGTGATACCACGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGCTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTa < 2:473240/274‑1 (MQ=255) 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cACGAGGTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGGACCGCCGTAGGTTGTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTAAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGc < 2:308814/275‑1 (MQ=255) cGAGCTTTTTCTTCCGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGcc > 4:385859/1‑274 (MQ=255) cGGCGCGTTATCGATCTGGTCGAATGCACGAGCAGCACCGCCGTAGGTTTTAGCCAGTACGGTGGTGATTGCAGCGGTCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGACTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTc < 1:125361/275‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |