| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,778,876 | G→A | 5.3% | G493D (GGC→GAC) | lldP → | L‑lactate permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,778,876 | 0 | G | A | 5.3% | 2392.1 / 81.6 | 714 | G493D (GGC→GAC) | lldP | L‑lactate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (342/334); new base A (19/19); total (361/353) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.08e-02 | |||||||||||
Only 100 of 723 total aligned reads displayed.
CTGAAAGAACTGGCTCTGCCCATCTACTCCATCGGTATGGTGCTGGCATTCGCCTTTATTTCGAACTATTCCGGACTGTCATCAACACTGGCGCTGGCACTGGCGCACACCGGTCATGCATTCACCTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCTTATGTCTTAACGTGGATGATTCCTTAATGATTGTTTTACCCAGACGCCTGTCAGACGAGGTTGCCGATCGTGTGCGGGCGCTGATTGA‑TGAAAAAAACCTGGAAGCGGGCATGAAGTTGCCCG > NC_000913/3778602‑3779150 | aataaCTTGCTCGGCCCATCTACTCCATCGGTATGGTGCTGGCATTCGCCTTTATTTCGAACTATTCCGGACTGTCATCAACACTGGCGCTGGCACTGGCGCACACCGGTCATGCATTCACCTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTc < 2:249833/272‑1 (MQ=255) 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tctcTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTcc < 5:473072/62‑1 (MQ=255) ctGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGAt < 5:433218/148‑1 (MQ=255) gATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTcc > 7:705726/1‑57 (MQ=255) gATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTcc < 6:435008/57‑1 (MQ=255) gATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAaga > 5:96856/1‑107 (MQ=255) gATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGt < 5:52432/118‑1 (MQ=255) gATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCg < 6:845758/122‑1 (MQ=255) gATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCg < 6:105062/122‑1 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CTGAAAGAACTGGCTCTGCCCATCTACTCCATCGGTATGGTGCTGGCATTCGCCTTTATTTCGAACTATTCCGGACTGTCATCAACACTGGCGCTGGCACTGGCGCACACCGGTCATGCATTCACCTTCTTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCTTATGTCTTAACGTGGATGATTCCTTAATGATTGTTTTACCCAGACGCCTGTCAGACGAGGTTGCCGATCGTGTGCGGGCGCTGATTGA‑TGAAAAAAACCTGGAAGCGGGCATGAAGTTGCCCG > NC_000913/3778602‑3779150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |