| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,234 | A→T | 20.5% | intergenic (+27/+5) | waaL → / ← waaU | O‑antigen ligase/lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,234 | 0 | A | T | 20.5% | 166.8 / 38.1 | 68 | intergenic (+27/+5) | waaL/waaU | O‑antigen ligase/lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/25); new base T (7/7); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.08e-01 | |||||||||||
TTTCACTATTTTATATAGCATATAAAAAACGAGCTTTGGGTTTGTTGATATTAACGCTTGGCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > NC_000913/3798029‑3798434 | tttCACTATTTTATATAGCATATAAAAAACGAGCTTTGGGTTTGTTGATATTAACGCTTGGCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATTCGCTATAGTCCNCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTNATTATAAAACTTAATCTCTTTACTGNATTAGTTAAAGTTTAAGTAACTATAtttt > 3:90096/1‑275 (MQ=255) cATATAAAAAACGAGCTTTGGGTTTGTTGATATTAACGCTTGGCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTgggg > 2:439310/1‑275 (MQ=255) tgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCAct > 5:303346/1‑128 (MQ=255) tgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCAct < 6:303346/128‑1 (MQ=255) ggCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAggg < 4:439309/273‑1 (MQ=255) cACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTaaa > 2:178457/1‑275 (MQ=255) gcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa > 8:166481/1‑103 (MQ=255) gcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa < 7:166481/103‑1 (MQ=255) aTTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa > 6:816891/1‑95 (MQ=255) aTTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa < 5:816891/95‑1 (MQ=255) ttATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActt > 7:870564/1‑96 (MQ=255) ttATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActt < 8:870564/96‑1 (MQ=255) tataTCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCa < 8:344223/92‑1 (MQ=255) tataTCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCa > 7:344223/1‑92 (MQ=255) ataGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTTTGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCg > 4:139488/1‑275 (MQ=255) ccTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa > 5:551601/1‑72 (MQ=255) ccTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa < 6:551601/72‑1 (MQ=255) ctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 8:620309/74‑1 (MQ=255) ctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCa > 7:620309/1‑74 (MQ=255) ctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCt > 6:645950/1‑84 (MQ=255) ctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCt < 5:645950/84‑1 (MQ=255) tCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTGAATCTCTTTACTGAAtt < 5:328577/105‑1 (MQ=255) tCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAAAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAAtt > 6:328577/1‑105 (MQ=255) cGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTgggg > 5:428833/1‑148 (MQ=255) ttAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCAct < 8:949909/65‑1 (MQ=255) ttAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCAct > 7:949909/1‑65 (MQ=255) tacaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTat < 6:428833/148‑1 (MQ=255) acaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAATAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTaa < 7:662087/88‑1 (MQ=255) acaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTACAACTCACTTCTTATCTATACAACTCAATCTCTTTACTGAATTAGTTaa > 8:662087/1‑88 (MQ=255) attaattaAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTaa > 6:1055290/1‑64 (MQ=255) attaattaAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTaa < 5:1055290/64‑1 (MQ=255) ttaattaaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCttt > 5:340489/1‑70 (MQ=255) ttaattaaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCttt < 6:340489/70‑1 (MQ=255) taaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGt < 6:505370/128‑1 (MQ=255) taaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGt > 5:505370/1‑128 (MQ=255) aGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGtt > 7:794232/1‑111 (MQ=255) aGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGtt < 8:794232/111‑1 (MQ=255) aTAAACAATTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATCGATTTATGATGATTCGGGGAcc > 5:966738/1‑148 (MQ=255) aTAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTATTTAAAGTTTc < 7:652696/80‑1 (MQ=255) aTAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTc > 8:652696/1‑80 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAAt > 5:776972/1‑51 (MQ=25) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAAt < 6:776972/51‑1 (MQ=25) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGtat < 8:608648/87‑1 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGtat > 7:608648/1‑87 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg < 6:448317/93‑1 (MQ=255) agTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg > 5:448317/1‑93 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTAt < 7:724985/69‑1 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTAt > 8:724985/1‑69 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAggg < 6:966738/148‑1 (MQ=255) gTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTa < 8:491734/115‑1 (MQ=255) gTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTa > 7:491734/1‑115 (MQ=255) tGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAg < 5:1091581/52‑1 (MQ=37) tGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAg > 6:1091581/1‑52 (MQ=37) tGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGat > 6:790135/1‑148 (MQ=255) gAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGata > 5:745675/1‑148 (MQ=255) gAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGc > 2:77986/1‑199 (MQ=255) gTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATAtt < 5:790135/148‑1 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGa > 6:251775/1‑66 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGa < 5:251775/66‑1 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAtt < 7:105109/98‑1 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAtt > 8:105109/1‑98 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTa < 5:758811/110‑1 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTa > 6:758811/1‑110 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTCTCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCCGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGta < 5:556344/101‑1 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCtt < 8:108751/71‑1 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCtt > 7:108751/1‑71 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGtcg < 8:84245/86‑3 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg > 7:84245/1‑86 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGta > 6:556344/1‑101 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAg > 7:733782/1‑104 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAg < 8:733782/104‑1 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTa < 5:88020/131‑1 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTa > 6:88020/1‑131 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCa < 4:77985/199‑1 (MQ=255) aaaaCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTgg > 5:817857/1‑86 (MQ=255) aaaaCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTgg < 6:817857/86‑1 (MQ=255) | TTTCACTATTTTATATAGCATATAAAAAACGAGCTTTGGGTTTGTTGATATTAACGCTTGGCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGGAGTACGTGAATTAGGGTAAAATGCAAGCGTTGGTTTATGATAAGCCGCAGCG > NC_000913/3798029‑3798434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |