| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,844,353 | A→C | 5.8% | G130G (GGA→GGC) | adeD → | cryptic adenine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,844,353 | 0 | A | C | 5.8% | 529.2 / 20.2 | 162 | G130G (GGA→GGC) | adeD | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/68); new base C (5/5); total (89/73) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.07e-02 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTGAACAGATGCTCGCCTGGCGGGACCATCCGCAGGTTACCGGCCTTGCAGAAATGATGGACTACCCTGGCGTAATTAGCGGGCAGAATGCGCTGCTCGATAAACTGGATGCATTTCGCCACCTGACGCTGGACGGTCACTGCCCGGGTTTGGGTGG > NC_000913/3844083‑3844622 | cGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGAtt > 2:192427/1‑273 (MQ=255) 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ccGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGCTGTTAACGGTGCCCGTTTTACCCTTGAAAAGATGCTCGCCGGGCGGGACCCACCGCAGGTTACCGGCCTTGCCGAAATGATGGACTACCCTGGCGTAATTAACGGGCAGAATgcgaggc > 4:35711/1‑270 (MQ=255) ccTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTg < 8:15150/71‑1 (MQ=255) gacgacCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAg < 8:80416/137‑1 (MQ=255) acgacCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACaggca > 5:825371/1‑87 (MQ=255) acgacCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACaggca < 6:825371/87‑1 (MQ=255) cgacCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTaa > 6:198762/1‑148 (MQ=255) ccGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGa > 6:997588/1‑130 (MQ=255) aTTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTGGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGAt > 6:916864/1‑135 (MQ=255) aTTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTCATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGGAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGAt < 5:916864/135‑1 (MQ=255) ccaCCCTCAGGAAATCGTCCACGGTAGGGNGGGAGTCCGATTCCCCTGGTTTGCCNGCTGGGACGAACCGGCAAGGCAAAACCATGAATTACAGGTCAGCTCTTGAGGAACCGCCCTGGAAGGCTTCGATGTTAACNGTGCCAGTTTTACCCTTGAACATATGCTCGCCTGGCGGGACCATCCGCAGGTTACCGGCCTTGCAGAAATGATGGACTACCCTGGCGTAATTAGCGGGCAGAATGCGCTGCTCGATAAACTGGATGCATTTCGCCAcc < 3:104566/273‑1 (MQ=255) aCCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTGAACAGATGCTCGCCTGGCGGGACCATCCGCAGGTTACCGGCCTTGCAGAAATGATGGACTACCCTGGCGTAATTAGCGGGCAGAATGCGCTGCTCGATAAACTGGATGCATTTCGCCACCt > 4:474661/1‑274 (MQ=255) tGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGGGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTGAACAGATGCTCGCCTGGCGGGACCATCCGCAGGTTACCGGCCTTGCAGAAATGATGGACTACCCTGGCGTAATTAGCGGGCAGAATGCGCTGCTCGATAAACTGGATGCATTTCGCCACCTGACGCTgg < 2:502467/275‑1 (MQ=255) aaaTCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTa > 7:19822/1‑80 (MQ=255) aaaTCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACa < 7:309174/82‑1 (MQ=255) aTCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTGAACAGa > 8:886120/1‑148 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGCTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt > 7:963664/1‑99 (MQ=255) cgggCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTCACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCt < 8:963664/98‑1 (MQ=255) caggCGAATCCGGCTTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTa > 5:1061671/3‑108 (MQ=255) caggCGAATCCGGCTTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTa < 6:1061671/106‑1 (MQ=255) cGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAAc < 7:993831/38‑1 (MQ=255) aGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTGAACAGATGCTCGCCTGGCGGGACCAt < 5:198762/148‑1 (MQ=255) gCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTa > 5:554771/1‑115 (MQ=255) 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CGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTGAACAGATGCTCGCCTGGCGGGACCATCCGCAGGTTACCGGCCTTGCAGAAATGATGGACTACCCTGGCGTAATTAGCGGGCAGAATGCGCTGCTCGATAAACTGGATGCATTTCGCCACCTGACGCTGGACGGTCACTGCCCGGGTTTGGGTGG > NC_000913/3844083‑3844622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |