| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 522,935 | T→C | 6.4% | intergenic (+105/‑326) | ybbP → / → rhsD | putative ABC transporter permease/Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 522,935 | 0 | T | C | 6.4% | 206.5 / 3.9 | 62 | intergenic (+105/‑326) | ybbP/rhsD | putative ABC transporter permease/Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain; putative neighboring cell growth inhibitor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/31); new base C (2/2); total (29/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
CGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATTTGTTGATGATGAATTCATCTGTGCTAAAAATGTTAGTTTAATAAAATATTGAAAGTGACC > NC_000913/522682‑523120 | ccaaaGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCGGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTg < 2:486362/272‑1 (MQ=255) tgtTTTATATGCCGATGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGAATGTTCTGCCCTGCAGCGGGGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGAGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTAATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCgg < 2:66103/274‑1 (MQ=255) gtTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTg < 2:154493/275‑1 (MQ=255) ctgctgctgTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAaaatcataaatc > 4:440937/1‑275 (MQ=255) aCTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTTGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCttt > 5:482072/1‑148 (MQ=255) ggCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATTTGTTGATGATGAATTCa > 2:203993/1‑275 (MQ=255) ggCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATTTGTTGATGATGAATTCATCTGTGCTaa < 2:440938/274‑1 (MQ=255) gCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGt < 6:482072/148‑1 (MQ=255) gTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGa < 6:1117607/148‑1 (MQ=255) agagTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGttt > 5:246700/1‑137 (MQ=255) agagTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGttt < 6:246700/137‑1 (MQ=255) ggCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTg < 6:45301/99‑1 (MQ=255) ggCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTg > 5:45301/1‑99 (MQ=255) ggCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTa > 6:159765/1‑105 (MQ=255) ggCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTa < 5:159765/105‑1 (MQ=255) gCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTAtt > 7:74287/1‑94 (MQ=255) gCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTAtt < 8:74287/94‑1 (MQ=255) tCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTg < 7:1015680/94‑1 (MQ=255) tCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTg > 8:1015680/1‑94 (MQ=255) ttGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGa < 7:648630/105‑1 (MQ=255) ttGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGa > 8:648630/1‑105 (MQ=255) tGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTa < 7:368802/80‑1 (MQ=255) tGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTa > 8:368802/1‑80 (MQ=255) ttAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTa < 5:455599/65‑1 (MQ=255) ttAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTa > 6:455599/1‑65 (MQ=255) ttAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGt > 7:477049/1‑89 (MQ=255) ttAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGt < 8:477049/89‑1 (MQ=255) aattaattCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTAt < 6:1117769/95‑1 (MQ=255) aattaattCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTAt > 5:1117769/1‑95 (MQ=255) attaattCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGaa < 5:727188/80‑1 (MQ=255) attaattCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGaa > 6:727188/1‑80 (MQ=255) ttCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTc > 8:257707/1‑54 (MQ=255) ttCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTc < 7:257707/54‑1 (MQ=255) ttCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTCCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATTTGTTGATGATGAATTCATATGTGCTAAAAATGTTAGTTTAATAAAATATTGAAAGt > 1:157037/1‑234 (MQ=255) aCAATATGTTTCATTGATTATGTTATTTAATTTGTGATTTCCTATCTTCCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATTTGTTGATGATGAATTCATCTGTGCTAAAAATGTTAGTTTAATAAAATATTGAAAGTGAcc < 3:157037/234‑1 (MQ=255) atatGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAAt > 5:619864/1‑148 (MQ=255) tatGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTaa > 8:412644/1‑61 (MQ=255) tatGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTaa < 7:412644/61‑1 (MQ=255) gTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATaaa > 8:481598/1‑121 (MQ=255) gTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATaaa < 7:481598/121‑1 (MQ=255) ttCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTaa < 6:78625/56‑1 (MQ=255) ttCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTaa > 5:78625/1‑56 (MQ=255) ttGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATc > 5:166377/1‑148 (MQ=255) gatgatGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGa < 6:457686/73‑1 (MQ=255) gatgatGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGa > 5:457686/1‑73 (MQ=255) atgatgTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATa > 7:398301/1‑97 (MQ=255) atgatgTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATa < 8:398301/97‑1 (MQ=255) atgatgTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTCCTATTGCTGATATTAATCTGAAt > 4:426593/1‑56 (MQ=255) tgatgTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTaa > 5:997363/1‑48 (MQ=255) tgatgTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTaa < 6:997363/48‑1 (MQ=255) tgTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTCCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGt < 2:426594/56‑1 (MQ=255) ttATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATaaa > 8:533301/1‑106 (MQ=255) ttATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATaaa < 7:533301/106‑1 (MQ=255) aTTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGaa < 6:619864/148‑1 (MQ=255) aaTTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATaa < 6:216244/86‑1 (MQ=255) aaTTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATaa > 5:216244/1‑86 (MQ=255) aTTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATttgt < 6:166377/148‑1 (MQ=255) aTCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTaa < 5:1085830/51‑1 (MQ=255) aTCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTaa > 6:191224/1‑51 (MQ=255) aTCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTaa > 6:1085830/1‑51 (MQ=255) aTCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTaa < 5:191224/51‑1 (MQ=255) aTCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATaa < 6:4262/71‑1 (MQ=255) aTCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATaa > 5:4262/1‑71 (MQ=255) ttCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACta > 5:40814/1‑76 (MQ=255) ttCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACta < 6:40814/76‑1 (MQ=255) | CGAAAGTGTTTGATTTTCCGTGGGAGCCAGACTGGCGATTGTGGATTGTTCTGCCGTGCAGCGGAGCGCTGCTGCTGTCGCTTTTCGGCGGCTGGCTGGGTGCGCGACTGGTTAAGGGTAAGGCGCTGTTCAGGCAGTTTGCGGGGTGATGAGAGTAAATAAGGGGCGTTCTGGTTGAATGGAACGCCTTGTTTAAATTAATTCTACAATATGTTTCATTGATGATGTTATTGAATTGGTGATTTCCTATCTTTCTATTGCTGATATTAATCTGAATCGGTGGAGTTTATTGATTTTAAATATAGCCCTACAAAAATAACTCAGACTAATAAAATCATAAATCATATGCGTTGAATGGATATTATCCATATAGTGAATTTGTTGATGATGAATTCATCTGTGCTAAAAATGTTAGTTTAATAAAATATTGAAAGTGACC > NC_000913/522682‑523120 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |