| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,612,330 | G→C | 7.8% | intergenic (+41/‑81) | ytjA → / → yjjU | uncharacterized protein/putative patatin‑like family phospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,612,330 | 0 | G | C | 7.8% | 222.2 / 7.6 | 72 | intergenic (+41/‑81) | ytjA/yjjU | uncharacterized protein/putative patatin‑like family phospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/32); new base C (2/4); total (36/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
TCGCATTGAGTGATTTTCACGCTCATATCAAGCGGTGACATTAACTATGGTAAAGGAGACGCTTATGTTTCGTTGGGGCATCATATTTCTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGG > NC_000913/4612064‑4612586 | tCGCATTGAGTGATTTTCACGCTCATATCAAGCGGTGACATTAACTATGGTAAAGGAGACGCTTATGTTTCGTTGGGGCATCATATTTCTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTgg > 2:133722/1‑275 (MQ=255) 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ccAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGt > 5:970037/1‑127 (MQ=255) aGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCag > 7:385319/1‑80 (MQ=255) aGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCag < 8:385319/80‑1 (MQ=255) | TCGCATTGAGTGATTTTCACGCTCATATCAAGCGGTGACATTAACTATGGTAAAGGAGACGCTTATGTTTCGTTGGGGCATCATATTTCTGGTTATCGCGTTAATCGCCGCCGCACTTGGGTTTGGTGGTCTGGCCGGTACCGCTGCAGGCGCAGCTAAAATTGTCTTTGTCGTCGGGATTATTCTGTTCCTGGTGAGTTTGTTCATGGGCCGAAAACGACCCTAGATTTCAGACCATTAAGAAAATTTTATCCAAAGCCAGTCCAGCGGACTGGCTTTTGCGGTTTTAGCGAATAATAAATTGCGTTACTTTGTCATTCTTTCACAACAAAAACAGGAAGGCAGAGGTGGGGCAGCGAATACCTGTAACGCTTGGTAATATTGCGCCGTTGTCGCTAAGGCCGTTCCAGCCTGGACGAATAGCTCTGGTGTGCGAAGGCGGCGGACAGCGTGGAATTTTCACGGCTGGCGTGCTGGATGAGTTTATGCGCGCGCAGTTTAATCCTTTCGATCTTTATCTCGG > NC_000913/4612064‑4612586 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |