| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 585,656 | T→A | 13.6% | intergenic (‑23/‑401) | ompT ← / → pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII; outer membrane protein 3b/tRNA‑OTHER |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 585,656 | 0 | T | A | 13.6% | 194.1 / 22.9 | 66 | intergenic (‑23/‑401) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII; outer membrane protein 3b/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/30); new base A (5/4); total (32/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.96e-02 | |||||||||||
GGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAACACGCTCTTTTGTTTTTCCGCTCAGAGTTCCAAGACTAATGTCCGCATTTATGTTGTCAGGAGTAAACGATAAAGTCTCGGTAGAAGCAAAAGAGCTGATCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCA > NC_000913/585388‑585857 | gggCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAACACGCTCTTTTGTTTTTCCGCTCAGAGTTCCAAGACTAATGTCCGCATTTATGTTGTCAGGAGTAAACGATAAAGTCTCGGTAGAAGCAAAAGAGCTGATCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGa < 1:122056/275‑1 (MQ=255) 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tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGaa > 7:440257/1‑80 (MQ=255) tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTAtttttt > 8:56216/1‑92 (MQ=255) tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTAtttttt < 7:56216/92‑1 (MQ=255) tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTAtttt < 7:1125122/90‑1 (MQ=255) tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTAtttt > 8:1125122/1‑90 (MQ=255) tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCACCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGa > 8:993858/1‑108 (MQ=255) tCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCACCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGa < 7:993858/108‑1 (MQ=255) cAATCGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTaa < 6:925818/102‑1 (MQ=255) 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aGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGTTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCa < 2:330089/241‑1 (MQ=255) gAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCaa < 7:527100/83‑1 (MQ=255) gAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCaa > 8:527100/1‑83 (MQ=255) ccGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTa > 6:385189/1‑148 (MQ=255) tAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGttt > 6:1012380/1‑100 (MQ=255) tAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGttt < 5:1012380/100‑1 (MQ=255) aaaaGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATc < 5:385189/148‑1 (MQ=255) aTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGt > 8:771533/1‑81 (MQ=255) aTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGt < 7:771533/81‑1 (MQ=255) aTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGt < 8:1071841/86‑1 (MQ=255) aTCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGt > 7:1071841/1‑86 (MQ=255) gTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGt > 8:545725/1‑78 (MQ=255) gTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGt < 7:545725/78‑1 (MQ=255) | GGGCATCAAATCCCAATTAATTGCACCTTTAATAATTGCAGCGTTATTGAATTTCCAGTCGAGTTGACTGACTTTTCGGCCTCCTTCTTCGGCTAGATAAACACGCTCTTTTGTTTTTCCGCTCAGAGTTCCAAGACTAATGTCCGCATTTATGTTGTCAGGAGTAAACGATAAAGTCTCGGTAGAAGCAAAAGAGCTGATCGCAATAGGGGTTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCA > NC_000913/585388‑585857 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |