| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,971,996 | T→A | 6.0% | L246Q (CTG→CAG) | wecC → | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,971,996 | 0 | T | A | 6.0% | 436.0 / 14.4 | 117 | L246Q (CTG→CAG) | wecC | UDP‑N‑acetyl‑D‑mannosaminuronic acid dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/55); new base A (2/5); total (57/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGAT > NC_000913/3971849‑3972138 | aaGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCt > 1:755148/1‑148 (MQ=255) tGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGCTCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTgg < 2:278565/146‑1 (MQ=255) tGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTgg > 1:278565/1‑146 (MQ=255) tgtgtCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCAGGCGAATc < 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AAGGTGAGTGTGTCGTCACTAACTCGCGGACGGCGGAAATGTGTAAGCTCACCGAAAACAGCTTCCGCGATGTGAATATCGCTTTTGCTAATGAATTGTCGCTGATTTGTGCCGATCAGGGGATTAACGTCTGGGAACTGATTCGCCTGGCGAATCGTCACCCTCGCGTTAATATTCTTCAGCCTGGCCCTGGCGTGGGCGGTCACTGCATTGCTGTTGATCCGTGGTTTATCGTGGCACAGAACCCCCAGCAGGCGCGGCTTATCCGTACCGCGCGCGAAGTGAACGAT > NC_000913/3971849‑3972138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |