| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,062,371 | A→T | 14.0% | N42I (AAT→ATT) | yihN → | MFS transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,062,371 | 0 | A | T | 14.0% | 160.5 / 17.6 | 57 | N42I (AAT→ATT) | yihN | MFS transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/24); new base T (4/4); total (29/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
TAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTT > NC_000913/4062236‑4062515 | tAGGGGATGTTATGCTCACGTAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAAt > 3:723291/1‑137 (MQ=255)tAGGGGATGTTATGCTCACGTAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAAt < 4:723291/137‑1 (MQ=255) gCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTg > 1:128066/1‑134 (MQ=255) gCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTg < 2:128066/134‑1 (MQ=255) cACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCATTGGTCaaa > 1:42369/1‑128 (MQ=255) cACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCATTGGTCaaa < 2:42369/128‑1 (MQ=255) aaGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATg < 2:16567/135‑1 (MQ=255) aaGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATg > 1:16567/1‑135 (MQ=255) gCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTa > 4:614372/1‑118 (MQ=255) gCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTa < 3:614372/118‑1 (MQ=255) ttAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCgg > 3:602355/1‑123 (MQ=255) ttAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCgg < 4:602355/123‑1 (MQ=255) tCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAAtt > 2:1038473/1‑103 (MQ=255) tCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAAtt < 1:1038473/103‑1 (MQ=255) tCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaaa > 1:629476/1‑123 (MQ=255) tCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaaa < 2:390571/123‑1 (MQ=255) tCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaaa < 2:629476/123‑1 (MQ=255) ccTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaaa > 1:390571/2‑123 (MQ=255) aaCACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAt > 4:281552/1‑122 (MQ=255) aaCACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAt < 3:281552/122‑1 (MQ=255) tACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAAtt < 4:1132211/82‑1 (MQ=255) tACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAAtt > 3:1132211/1‑82 (MQ=255) tttATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAt > 4:127665/1‑102 (MQ=255) tttATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCAt < 3:127665/102‑1 (MQ=255) 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atCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTctcactca > 4:318883/1‑148 (MQ=255) tCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaaa > 3:1104943/1‑61 (MQ=255) tCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTaaa < 4:1104943/61‑1 (MQ=255) tCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATaa < 4:436549/112‑1 (MQ=255) tCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATaa > 3:436549/1‑112 (MQ=255) ccGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTg > 2:906406/1‑148 (MQ=255) aTGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCtattta > 2:892929/1‑95 (MQ=255) aTGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCtattta < 1:892929/95‑1 (MQ=255) tGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGAc < 3:318883/148‑1 (MQ=255) ttCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGc < 1:719006/89‑1 (MQ=255) ttCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGc > 2:719006/1‑89 (MQ=255) ttCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCgcgc < 3:593479/105‑1 (MQ=255) ttCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCgcgc > 4:593479/1‑105 (MQ=255) cATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGgtg < 1:906406/148‑1 (MQ=255) aaTTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCta > 1:497993/2‑76 (MQ=255) aaTTTGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCta < 2:497993/75‑1 (MQ=255) tttGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACt > 2:544613/1‑93 (MQ=255) tttGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACt < 1:544613/93‑1 (MQ=255) tttGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTg > 3:859367/1‑70 (MQ=255) tttGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTg < 4:859367/70‑1 (MQ=255) ttGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATaca < 2:271828/106‑1 (MQ=255) ttGACCATTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATaca > 1:271828/1‑106 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCg > 3:747641/1‑81 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCg < 4:747641/81‑1 (MQ=255) ccAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTAttt > 3:398200/1‑148 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCtattta < 1:597795/71‑1 (MQ=255) aaTGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCtattta > 2:597795/1‑71 (MQ=255) | TAGGGGATGTTATGCTCACGAAAAAGAAATGGGCGTTATTTAGTCTATTAACACTGTGTGGCGGTACAATTTATAAATTACCGTCGCTGAAAGATGCGTTTTATATCCCGATGCAGGAATATTTCCATTTGACCAATGGTCAAATTGGTAATGCTATGTCGGTAAACTCATTTGTCACCACAGTGGGCTTTTTTCTGTCTATTTATTTTGCCGATAAACTACCGCGCAGATACACCATGTCATTCTCACTCATTGCGACAGGATTACTGGGTGTTTATTT > NC_000913/4062236‑4062515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |