| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,215,201 | C→T | 5.9% | L308L (CTG→TTG) | metA → | homoserine O‑transsuccinylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,215,201 | 0 | C | T | 5.9% | 346.8 / 7.5 | 101 | L308L (CTG→TTG) | metA | homoserine O‑transsuccinylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/51); new base T (3/3); total (47/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTT > NC_000913/4215057‑4215275 | ccGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg < 3:189539/148‑1 (MQ=255) cGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGa > 3:300448/1‑148 (MQ=255) tataACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGAtt > 4:541698/1‑148 (MQ=255) aTTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGTGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc < 1:1066284/148‑1 (MQ=255) aTTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc > 2:726239/1‑148 (MQ=255) aTTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc > 3:142811/1‑148 (MQ=255) cGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGAt < 1:726239/148‑1 (MQ=255) aTGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGa > 2:263003/1‑148 (MQ=255) tGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGAt < 3:963460/148‑1 (MQ=255) tCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGt < 4:300448/148‑1 (MQ=255) tCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGt < 4:142811/148‑1 (MQ=255) tCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGt < 2:60005/148‑1 (MQ=255) cGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTa < 1:1077554/148‑1 (MQ=255) gCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTaa < 1:263003/148‑1 (MQ=255) cAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTaa > 2:100583/1‑123 (MQ=255) cAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTaa < 1:100583/123‑1 (MQ=255) aTACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGAt < 2:42164/148‑1 (MQ=255) acacCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTc > 3:605931/1‑148 (MQ=255) ccGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAGCGTTGGAttca > 2:1063809/1‑112 (MQ=255) ccGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAGCGTTGGAttca < 1:1063809/114‑3 (MQ=255) gcgagcgaGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGAtt > 1:857433/1‑110 (MQ=255) gcgagcgaGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGAtt < 2:857433/110‑1 (MQ=255) gcgagcgaGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtctt > 1:211849/1‑116 (MQ=255) gcgagcgaGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtctt < 2:211849/116‑1 (MQ=255) gcgagcgaGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCAc < 3:541698/148‑1 (MQ=255) cgagcgagCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg < 2:643252/106‑1 (MQ=255) cgagcgagCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg > 1:643252/1‑106 (MQ=255) cTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCa < 4:605931/148‑1 (MQ=255) tGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCg > 3:316373/1‑129 (MQ=255) tGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCg < 4:316373/129‑1 (MQ=255) tAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCa > 4:631355/1‑132 (MQ=255) tAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCa < 3:631355/132‑1 (MQ=255) gTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg < 4:19697/84‑1 (MQ=255) gTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg > 3:19697/1‑84 (MQ=255) tttACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATTAATCCAGCGTTGGAttca < 1:102620/85‑3 (MQ=255) tttACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATTAATCCAGCGTTGGAttca > 2:102620/1‑83 (MQ=255) ttACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTc < 3:925399/128‑1 (MQ=255) ttACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTc > 4:925399/1‑128 (MQ=255) tACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc > 4:125323/1‑88 (MQ=255) tACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc < 3:125323/88‑1 (MQ=255) aCTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCttttt < 3:810228/148‑1 (MQ=255) gTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg > 3:733769/1‑74 (MQ=255) gTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTgg < 4:733769/74‑1 (MQ=255) ttACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtct > 2:109767/1‑80 (MQ=255) ttACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtct < 1:109767/80‑1 (MQ=255) ttACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTg > 2:508635/1‑136 (MQ=255) ttACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTg < 1:508635/136‑1 (MQ=255) aaCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGt > 2:1101899/1‑86 (MQ=255) aaCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGt < 1:1101899/86‑1 (MQ=255) aaCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGa > 2:98288/1‑100 (MQ=255) aaCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGa < 1:98288/100‑1 (MQ=255) aCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTaa < 3:107908/71‑1 (MQ=255) aCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTaa > 4:107908/1‑71 (MQ=255) aCTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTaa > 3:957006/1‑95 (MQ=255) tCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGa > 4:1018408/1‑82 (MQ=255) tCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGa < 3:1018408/82‑1 (MQ=255) cAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATTAATCCAGCGTTGGAttca < 2:658710/64‑3 (MQ=37) cAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATTAATCCAGCGTTGGAttca > 1:658710/1‑62 (MQ=37) 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> 3:211624/1‑119 (MQ=255) cAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGAACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTa < 3:909500/87‑1 (MQ=255) cAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGAACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTa > 4:909500/1‑87 (MQ=255) aCTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCg < 4:1135485/117‑1 (MQ=255) aCTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCg > 3:1135485/1‑117 (MQ=255) cTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCa > 4:876288/1‑96 (MQ=255) cTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCa < 3:876288/96‑1 (MQ=255) tACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCtt > 1:1117937/1‑110 (MQ=255) 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cTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCt < 3:581454/90‑1 (MQ=255) cTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCt > 4:581454/1‑90 (MQ=255) cAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAg > 1:402953/1‑61 (MQ=255) cAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAg < 2:402953/61‑1 (MQ=255) cACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc > 1:1043602/1‑48 (MQ=255) cACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAAtcttc < 2:1043602/48‑1 (MQ=255) ccATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGAt > 3:754599/1‑68 (MQ=255) ccATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGAt < 4:754599/68‑1 (MQ=255) aTCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGa < 2:112306/49‑1 (MQ=255) aTCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGa > 1:112306/1‑49 (MQ=255) aTCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCtttt > 1:546876/1‑97 (MQ=255) aTCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCtttt < 2:546876/97‑1 (MQ=255) cGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCggg < 1:955004/84‑1 (MQ=255) cGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCggg > 2:955004/1‑84 (MQ=255) cacaTGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTa > 1:45604/1‑47 (MQ=255) cacaTGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTa < 2:45604/47‑1 (MQ=255) aaTCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCttt > 2:283176/1‑82 (MQ=255) aaTCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCttt < 1:283176/82‑1 (MQ=255) | CCGTATAACTATTTCCCGCACAATGATCCGCAAAATACACCGCGAGCGAGCTGGCGTAGTCACGGTAATTTACTGTTTACCAACTGGCTCAACTATTACGTCTACCAGATCACGCCATACGATCTACGGCACATGAATCCAACGCTGGATTAATCTTCTGTGATAGTCGATCGTTAAGCGATTCAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTT > NC_000913/4215057‑4215275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |