| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,265,670 | T→G | 5.9% | F453V (TTT→GTT) | dnaB → | replicative DNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,265,670 | 0 | T | G | 5.9% | 245.0 / 7.0 | 68 | F453V (TTT→GTT) | dnaB | replicative DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/33); new base G (2/2); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
ATCGAGCAGGATGCGGACTTGATCATGTTTATCTATCGTGATGAGGTGTATCACGAAAACAGTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAACACAAATGCAAGCGGCAACTGT > NC_000913/4265535‑4265798 | aTCGAGCAGGATGCGGACTTGATCATGTTTATCTATCGTGATGAGGTGTATCACGAAAACAGTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAAt > 1:512678/1‑148 (MQ=255) cGAGCAGGATGCGGACTTGATCATGTTTATCTATCGTGATGAGGTGTATCACGAAAACAGTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATgg < 3:27731/148‑1 (MQ=255) aGGATGCGGACTTGATCATGTTTATCTATCGTGATGAGGTGTATCACGAAAACAGTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTcgcg < 4:880957/148‑1 (MQ=255) gATGCGGACTTGATCATGTTTATCTATCGTGATGAGGTGTATCACGAAAACAGTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCt < 2:512678/148‑1 (MQ=255) 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4:543286/148‑1 (MQ=255) gTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTAcgacgacga < 4:901875/130‑1 (MQ=255) gTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTAcgacgacga > 3:901875/1‑130 (MQ=255) tGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCgg > 3:87481/1‑110 (MQ=255) tGATTTAAAAGGCATCGCAGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCgg < 4:87481/110‑1 (MQ=255) gATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGTGACGGTACGCCTGACCTTTAACgg > 2:1110540/1‑80 (MQ=255) gATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACgg < 1:1110540/80‑1 (MQ=255) ttAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATg < 1:241780/103‑1 (MQ=255) 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4:1114503/120‑1 (MQ=255) tatCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGc < 1:157016/89‑1 (MQ=255) tatCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGc > 2:157016/1‑89 (MQ=255) tAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGc > 1:4831/1‑75 (MQ=255) tAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGc < 2:4831/75‑1 (MQ=255) tAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTa < 1:288310/111‑1 (MQ=255) tAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTa > 2:288310/1‑111 (MQ=255) acaacGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCggg < 3:639589/75‑1 (MQ=255) acaacGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCggg > 4:639589/1‑75 (MQ=255) 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ccAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGc < 3:1095790/67‑1 (MQ=255) cAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAACACAAATGCAAGCGGCaa > 3:681558/1‑148 (MQ=255) cGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAac < 4:627615/127‑1 (MQ=255) cGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAac > 3:627615/1‑127 (MQ=255) cGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAACACAAATGCAAGCGGCAACtgt < 4:681558/148‑1 (MQ=255) cGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAACACAAATGCAAGCGGCAACtgt < 2:189644/148‑1 (MQ=255) gACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCaa < 1:551722/96‑1 (MQ=255) gACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCaa > 2:551722/1‑96 (MQ=255) | ATCGAGCAGGATGCGGACTTGATCATGTTTATCTATCGTGATGAGGTGTATCACGAAAACAGTGATTTAAAAGGCATCGCGGAAATTATTATCGGTAAACAACGTAACGGCCCAATCGGGACGGTACGCCTGACCTTTAACGGTCAATGGTCGCGCTTCGACAACTATGCGGGGCCGCAGTACGACGACGAATAATAATTATTTTATGAATTAGGTAATTAAAGCAAACACTTATCAAGGAACACAAATGCAAGCGGCAACTGT > NC_000913/4265535‑4265798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |