| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,392,757 | C→G | 13.6% | intergenic (+99/‑135) | glyY → / → yjeV | tRNA‑Gly/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,392,757 | 0 | C | G | 13.6% | 137.1 / 11.4 | 44 | intergenic (+99/‑135) | glyY/yjeV | tRNA‑Gly/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/19); new base G (3/3); total (22/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CGTTTCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGTTTTGTCGAGTCGA > NC_000913/4392645‑4392859 | cGTTTCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGaa > 1:624066/1‑138 (MQ=255)cGTTTCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGaa < 2:624066/138‑1 (MQ=255) ttCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTaa > 4:1105791/1‑125 (MQ=255) ttCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTaa < 3:1105791/125‑1 (MQ=255) ccAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAAt > 1:407028/1‑112 (MQ=255) ccAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAAt < 2:407028/112‑1 (MQ=255) ccAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGaa < 3:423415/127‑1 (MQ=255) ccAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGaa > 4:423415/1‑127 (MQ=255) aaTTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTaa < 3:68785/114‑1 (MQ=255) aaTTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTaa > 4:68785/1‑114 (MQ=255) tctctcAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATc > 4:832247/1‑104 (MQ=255) tctctcAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATc < 3:832247/104‑1 (MQ=255) ctcAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTTGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTGAGGCTg < 3:680215/96‑1 (MQ=255) ctcAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTGAGGCTg > 4:680215/1‑96 (MQ=255) aTAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTGAGGCTGtg < 2:156764/94‑2 (MQ=255) aTAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTGAGGCTGtg > 1:156764/1‑93 (MQ=255) aTAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAg > 2:898456/1‑88 (MQ=255) aTAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAg < 1:898456/88‑1 (MQ=255) aaaaTATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAAc < 4:293863/111‑1 (MQ=255) aaaaTATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAAc > 3:293863/1‑111 (MQ=255) aaaaTATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGt > 2:75217/1‑128 (MQ=255) aaaaTATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGt < 1:75217/128‑1 (MQ=255) cGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTaa > 4:336904/1‑80 (MQ=255) cGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTaa < 3:336904/80‑1 (MQ=255) cgATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAAc > 4:208969/1‑121 (MQ=255) cgATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAAc < 3:208969/121‑1 (MQ=255) tGGTTTTTGTTGTCTCTGGCAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAAAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTAt < 1:35765/111‑1 (MQ=255) tGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTAt > 2:35765/1‑111 (MQ=255) ggTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTGAGGCTg < 1:275001/57‑1 (MQ=255) ggTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTGAGGCTg > 2:275001/1‑57 (MQ=255) ctGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTgatagata < 1:334269/105‑1 (MQ=255) ctGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTAAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTgatagata > 2:334269/1‑105 (MQ=255) aaCTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAAt < 3:564428/41‑1 (MQ=255) aaCTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAAt > 4:564428/1‑41 (MQ=255) ctctTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTgatagata > 3:844811/1‑97 (MQ=255) ctctTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTgatagata < 4:844811/97‑1 (MQ=255) cAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGtt > 3:573020/1‑109 (MQ=255) cAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGtt < 4:573020/109‑1 (MQ=255) caGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACg < 3:593117/42‑1 (MQ=255) caGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACg > 4:593117/1‑42 (MQ=255) caGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCt > 2:864326/1‑64 (MQ=255) caGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCt < 1:864326/64‑1 (MQ=255) caGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGTTTTgtcgagtcga < 2:410387/109‑1 (MQ=255) caGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGTTTTgtcgagtcga > 1:410387/1‑109 (MQ=255) | CGTTTCCCGCTCCAAATTCTTCTCTCAATAAAATATCCACAGCGACGCGATGCGTTATTGCTGGTTTTTGTTGTCTCTGACAAACTCTTGTAAACAGAGTTATCCACAGCCTCAGGCTGTAATCTTAATTTCAAAGAAACTTCGCACGGTGAATAGTATTTTTTTAACCTATTGATAGATAAGTTAAAAATTAAGATTCCGTTTTGTCGAGTCGA > NC_000913/4392645‑4392859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |