| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,610,720 | T→A | 5.1% | L436Q (CTG→CAG) | prfC → | peptide chain release factor RF‑3 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,610,720 | 0 | T | A | 5.1% | 728.7 / 20.9 | 195 | L436Q (CTG→CAG) | prfC | peptide chain release factor RF‑3 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/92); new base A (5/5); total (98/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
CACCGGTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAAGAGTT > NC_000913/4610574‑4610867 | gTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGt < 1:600157/148‑1 (MQ=255) tATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGtt < 2:996937/148‑1 (MQ=255) tATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGtt < 2:230474/148‑1 (MQ=255) cGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTCTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCggtggttc > 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ctgctCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGCTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAg > 4:126875/1‑148 (MQ=255) tgctCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGc < 1:47136/148‑1 (MQ=255) cAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTg > 1:614790/1‑70 (MQ=255) cAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTg > 1:1081648/1‑70 (MQ=255) cAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAgtg < 1:15509/148‑1 (MQ=255) aaaGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGtt > 2:84413/1‑75 (MQ=255) aaaGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGtt < 1:84413/75‑1 (MQ=255) 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tCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGc > 3:656562/1‑78 (MQ=255) | CACCGGTATTCCGAACTTCGCACCAGAACTGTTCCGTCGTATCCGCCTGAAAGATCCGCTGAAGCAAAAACAGCTGCTCAAAGGGCTGGTACAGCTTTCCGAAGAGGGCGCGGTGCAGGTGTTCCGTCCAATCTCCAACAACGATCTGATCGTTGGTGCAGTTGGTGTGCTGCAGTTTGATGTGGTGGTAGCGCGCCTGAAGAGCGAATACAACGTTGAAGCAGTGTATGAGTCAGTCAACGTTGCCACTGCCCGCTGGGTAGAATGTGCAGACGCGAAGAAATTCGAAGAGTT > NC_000913/4610574‑4610867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |