| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 532,335 | A→G | 6.7% | intergenic (‑114/‑116) | allS ← / → allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 532,335 | 0 | A | G | 6.7% | 194.0 / 4.2 | 60 | intergenic (‑114/‑116) | allS/allA | allD operon transcriptional activator/ureidoglycolate lyase, releasing urea |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/28); new base G (2/2); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
AAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAA > NC_000913/532194‑532455 | aaGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATAtt < 2:653881/148‑1 (MQ=255) tttCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTa > 1:1006545/1‑148 (MQ=255) tCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGaaa < 4:12074/122‑1 (MQ=255) tCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGaaa > 3:12074/1‑122 (MQ=255) cGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAACATATTCCCACTTTTGTAt < 4:729652/140‑1 (MQ=255) cGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTAt > 3:729652/1‑140 (MQ=255) gAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGAtgttgt < 2:1006545/148‑1 (MQ=255) aaCATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCaa < 4:309521/129‑1 (MQ=255) aaCATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCaa > 3:309521/1‑129 (MQ=255) tATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACtt > 3:901902/1‑120 (MQ=255) tATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACtt < 4:901902/120‑1 (MQ=255) ccTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACttt > 3:513712/1‑116 (MQ=255) ccTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACttt < 4:513712/116‑1 (MQ=255) cTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAat < 1:731515/104‑1 (MQ=255) cTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAat > 2:731515/1‑104 (MQ=255) tGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTctct < 4:1022039/113‑1 (MQ=255) tGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTctct > 3:1022039/1‑113 (MQ=255) tATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAACTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTg > 1:482781/1‑119 (MQ=255) tATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTg < 2:482781/119‑1 (MQ=255) tctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggt > 1:788180/1‑148 (MQ=255) ctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCa < 4:821575/74‑1 (MQ=255) ctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCa > 3:821575/1‑74 (MQ=255) ctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACttt > 1:88481/1‑79 (MQ=255) ctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACttt < 2:88481/79‑1 (MQ=255) ctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGtt < 4:113090/119‑1 (MQ=255) ctGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGtt > 3:113090/1‑119 (MQ=255) tATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAGAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTaa > 2:1103020/1‑95 (MQ=255) tATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAGAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTaa < 1:1103020/95‑1 (MQ=255) tATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAGAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTaa < 1:155395/95‑1 (MQ=255) tATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAGAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTaa > 2:155395/1‑95 (MQ=255) cAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACgg > 1:118903/1‑148 (MQ=255) cTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTa < 4:417895/132‑1 (MQ=255) cTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTa > 3:417895/1‑132 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGTCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAg > 1:392036/1‑148 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCa > 3:514220/1‑42 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAt < 2:975349/128‑1 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAAt > 1:975349/1‑128 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAg < 2:788180/148‑1 (MQ=255) gTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTAGAAAAATATTCCa < 4:514220/42‑1 (MQ=255) ttCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACa > 1:362845/1‑136 (MQ=255) ttCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACa < 2:362845/136‑1 (MQ=255) tCAATTTGTGGTCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGAt < 2:392036/148‑1 (MQ=255) tCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGtttt > 1:982830/1‑73 (MQ=255) tCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGtttt < 2:982830/73‑1 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCaa < 3:181344/93‑1 (MQ=255) aTTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCaa > 4:181344/1‑93 (MQ=255) tttGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTa > 1:892605/1‑62 (MQ=255) tttGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTa < 2:892605/62‑1 (MQ=255) aCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGaa > 3:693014/1‑80 (MQ=255) aCTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGaa < 4:693014/80‑1 (MQ=255) tAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggt > 1:772182/1‑100 (MQ=255) tAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggt < 2:772182/100‑1 (MQ=255) tAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGaa > 4:330199/1‑107 (MQ=255) tAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGaa < 3:330199/107‑1 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAg < 4:936422/83‑1 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAg > 3:936422/1‑83 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGaa < 4:40474/137‑1 (MQ=255) aaaTCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGaa > 3:40474/1‑137 (MQ=255) cTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGa > 4:1000953/1‑129 (MQ=255) cTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGa < 3:1000953/129‑1 (MQ=255) tttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggt < 2:1040454/90‑1 (MQ=255) tttGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCggt > 1:1040454/1‑90 (MQ=255) aaaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggcgg > 4:45234/1‑84 (MQ=255) aaaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTcggcgg < 3:45234/84‑1 (MQ=255) aaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAgg < 2:441014/109‑1 (MQ=255) aaaaTATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAgg > 1:441014/1‑109 (MQ=255) | AAGTCCGCAAGGTTTCTGGATCGAACATCTTCAGGTATCCCCTTTTAAATCCGCAAGTTGCGTGATTTTCTTATCCTCTGATTTATCAGTATTTTTACATGATAACCCTGTTCAATTTGTGGACTAAATCTAGTTTTGGAAAAATATTCCAACTTTTGTATTGATGTTGTTCTCTTAAGGTTTTAGATTGCCTGTTATTGAAACCAAGCTGACCGGTCGGCGGTGGTTGAACGGAATTATGTTACAAGGACAAAAAGATGAA > NC_000913/532194‑532455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |