| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 585,863 | T→C | 16.7% | intergenic (‑230/‑194) | ompT ← / → pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII; outer membrane protein 3b/tRNA‑OTHER |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 585,863 | 0 | T | C | 16.7% | 151.7 / 22.1 | 60 | intergenic (‑230/‑194) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII; outer membrane protein 3b/tRNA‑OTHER |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base C (5/5); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
TAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAGTGGGACGTGTG > NC_000913/585732‑586006 | tAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTagag > 1:871630/1‑137 (MQ=255)tAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTagag < 2:871630/137‑1 (MQ=255) cacaATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCa < 4:850182/123‑1 (MQ=255) cacaATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCa > 3:850182/1‑123 (MQ=255) ttAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGc < 4:392444/98‑1 (MQ=255) ttAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGc > 3:392444/1‑98 (MQ=255) tATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATg < 4:843655/106‑1 (MQ=255) tATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATg > 3:843655/1‑106 (MQ=255) ttCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGa > 2:664961/1‑101 (MQ=255) ttCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGa < 1:664961/101‑1 (MQ=255) ttCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt < 3:243098/121‑1 (MQ=255) ttCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt > 4:243098/1‑121 (MQ=255) tCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCa < 1:152141/105‑1 (MQ=255) tCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCa > 2:152141/1‑105 (MQ=255) gTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAaga < 3:202119/130‑1 (MQ=255) gTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAaga > 4:202119/1‑130 (MQ=255) tttACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTa > 1:854462/1‑104 (MQ=255) tttACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTa < 2:854462/104‑1 (MQ=255) aCTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTAt < 2:991206/92‑1 (MQ=255) aCTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTAt > 1:991206/1‑92 (MQ=255) gTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGaaa < 2:988371/68‑1 (MQ=255) gTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGaaa > 1:988371/1‑68 (MQ=255) tttttttATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCata > 3:7908/1‑58 (MQ=255) tttttttATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCata < 4:7908/58‑1 (MQ=255) tgCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATg > 1:39254/1‑56 (MQ=255) tgCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATg < 2:39254/56‑1 (MQ=255) tgCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt > 3:633226/1‑84 (MQ=255) tgCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt < 4:633226/84‑1 (MQ=255) tgCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAaga > 2:390854/1‑97 (MQ=255) tgCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAaga < 1:390854/97‑1 (MQ=255) tCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTg > 2:234692/1‑101 (MQ=255) tCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTg < 1:234692/101‑1 (MQ=255) aTTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGa > 4:401296/1‑90 (MQ=255) aTTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGa < 3:401296/90‑1 (MQ=255) ttAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAagag < 4:1086114/85‑1 (MQ=255) ttAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAagag > 3:1086114/1‑85 (MQ=255) aGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCaa > 3:93505/1‑113 (MQ=255) aGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCaa < 4:93505/113‑1 (MQ=255) tataTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTa > 2:263492/4‑66 (MQ=39) tataTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTa < 1:263492/63‑1 (MQ=39) tataTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACaaaa < 2:445266/84‑1 (MQ=255) tataTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACaaaa > 1:445266/4‑87 (MQ=255) ataTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGttt < 1:106537/131‑1 (MQ=255) ataTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGttt > 2:106537/3‑133 (MQ=255) taTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTa < 2:775282/51‑1 (MQ=38) taTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTa > 1:775282/2‑52 (MQ=38) taTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt > 2:684060/2‑63 (MQ=255) taTGCCTCTAAAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt < 1:684060/62‑1 (MQ=255) cATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAACGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAGTGGGACgt > 1:522464/1‑148 (MQ=255) aTGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAg < 3:815712/139‑1 (MQ=255) aTGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAg > 4:815712/1‑139 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATTAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAag < 1:283440/73‑1 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCTTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAag > 2:283440/1‑73 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATg > 2:1036958/1‑127 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATg < 1:1036958/127‑1 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGa < 3:970047/133‑1 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGa > 4:970047/1‑133 (MQ=255) tGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAGTGGGACgtgt > 1:740600/1‑148 (MQ=255) ccTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt < 4:546864/59‑1 (MQ=255) ccTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGtttttt > 3:546864/1‑59 (MQ=255) tttAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTg > 3:984288/1‑82 (MQ=255) tttAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTg < 4:984288/82‑1 (MQ=255) ttAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCaa > 3:934520/1‑101 (MQ=255) ttAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCaa < 4:934520/101‑1 (MQ=255) ttAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAGTGGGACGtgtg > 2:248135/1‑144 (MQ=255) ttAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAGTGGGACGtgtg < 1:248135/144‑1 (MQ=255) | TAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGGTTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAGGTTTATCCTCAATTACTATGTTTTTTAGTACAAAAAAGAGGGACAAAACTGAGACACATAAGGCCTCGCAATGGCTTGCAAGGCTTTACATGTTTTGAGGTAGTGGGACGTGTG > NC_000913/585732‑586006 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |