| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 773,145 | T→C | 7.2% | L35P (CTC→CCC) | cydB → | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 773,145 | 0 | T | C | 7.2% | 413.0 / 14.4 | 124 | L35P (CTC→CCC) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/58); new base C (4/5); total (61/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTGGGACGGTAACCAGGTTTGGCTGATCACCGCGGGCGGCGCACTCTTTGCTGCCTGGCCGATGGTCTATGCCGCTGCGTTCTC > NC_000913/773000‑773292 | tCCACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCa < 4:231012/148‑1 (MQ=255) cACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAcc > 4:547340/1‑148 (MQ=255) cACGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAcc < 4:1081173/148‑1 (MQ=255) aCGACTACTCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAccc < 3:547340/148‑1 (MQ=255) ctactCAGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGttt < 2:475335/148‑1 (MQ=255) aGCCGGCACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCgg > 4:394028/1‑148 (MQ=255) cACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAccccca > 1:950285/1‑132 (MQ=255) cACGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAccccca < 2:950285/135‑4 (MQ=255) cGCTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACg < 4:793178/148‑1 (MQ=255) cTAAGACAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGac > 3:756569/1‑148 (MQ=255) aCAGGAGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGa > 3:31716/1‑148 (MQ=255) aGTCGTCAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCgg > 4:1073711/1‑128 (MQ=255) tcAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAAtt > 3:415622/1‑148 (MQ=255) cAAATGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTa < 4:329022/148‑1 (MQ=255) aaTGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATg < 1:288938/148‑1 (MQ=255) aTGATCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGa > 3:1041099/1‑148 (MQ=255) tCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGt > 2:688800/1‑116 (MQ=255) tCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGa < 4:471464/144‑1 (MQ=255) tCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGa > 3:471464/1‑144 (MQ=255) tCGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTaa < 4:756569/148‑1 (MQ=255) cGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTa < 4:926698/119‑1 (MQ=255) cGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTa > 3:926698/1‑119 (MQ=255) cGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGa < 2:384988/143‑1 (MQ=255) cGATTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAAc > 3:304006/1‑148 (MQ=255) aTTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTTGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTGTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGaa < 2:597898/135‑1 (MQ=255) aTTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATTGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGaa > 1:224825/1‑135 (MQ=255) aTTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGaa < 2:224825/135‑1 (MQ=255) aTTATGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTc > 3:789356/1‑148 (MQ=255) aTGAAGTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCAt > 2:841955/1‑148 (MQ=255) gTATTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGcac > 1:565085/1‑148 (MQ=255) aTTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAccc < 4:684414/92‑1 (MQ=255) aTTGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGAGCATGCCCAccc > 3:684414/1‑92 (MQ=255) tGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGt < 4:803076/101‑1 (MQ=255) tGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGt > 3:803076/1‑101 (MQ=255) tGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATg > 3:264242/1‑128 (MQ=255) tGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATg < 4:264242/128‑1 (MQ=255) tGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCa < 2:61098/138‑1 (MQ=255) tGCGTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCa > 1:61098/1‑138 (MQ=255) gTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTg < 4:31716/148‑1 (MQ=255) gTTTTATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTg > 3:284363/1‑148 (MQ=255) tttATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCATCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTATGATTAACTCCATTGCACCACACTggg < 4:789356/148‑1 (MQ=255) tttATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTAt > 1:852059/1‑122 (MQ=255) tttATCTGGTGGCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGAATTAt < 2:852059/122‑1 (MQ=255) ggtggCTGCTGGTTGGCGTTCTGCTGATTGGTTTTGCAGTCACTGACGGTTTCGACATGGGGGTGGGCATGCTCACCCGTTTCCTCGGTCGTAACGACACCGAGCGTCGa < 1:1062373/110‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |