Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 93,867 | C→T | 5.5% | C234C (TGC→TGT) | murE → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanyl‑D‑glutamate:meso‑ diaminopimelate ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 93,867 | 0 | C | T | 5.5% | 241.3 / 4.1 | 72 | C234C (TGC→TGT) | murE | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanyl‑D‑glutamate:meso‑ diaminopimelate ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/35); new base T (2/2); total (35/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.24e-01 |
CTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGACCGAAGTGAACTAT > NC_000913/93720‑94008 | ctccCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGc < 3:1041843/148‑1 (MQ=255) cACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTc > 1:629471/1‑148 (MQ=255) aCGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCTCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCa > 3:739450/1‑148 (MQ=255) gggCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAgg < 2:743153/148‑1 (MQ=255) cTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGa < 4:841317/148‑1 (MQ=255) tACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGattat > 4:247375/1‑148 (MQ=255) cAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTCTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGTCGAttatta < 4:739450/148‑1 (MQ=255) aGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTaa < 2:522299/148‑1 (MQ=255) cACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGCTATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGc > 2:367654/1‑129 (MQ=255) cACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGc < 1:367654/129‑1 (MQ=255) tgGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCcgacga < 2:629471/148‑1 (MQ=255) gcATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAg < 3:247375/148‑1 (MQ=255) tCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGctggctgg > 1:288909/1‑148 (MQ=255) cTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAgg > 4:442641/1‑101 (MQ=255) cTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAgg < 3:442641/101‑1 (MQ=255) cTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTaa > 1:373632/1‑111 (MQ=255) cTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTaa < 2:373632/111‑1 (MQ=255) ttACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATGAACGCCGAAGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACt > 4:934975/1‑148 (MQ=255) aCCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGt > 3:345479/1‑122 (MQ=255) aCCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGt < 4:345479/122‑1 (MQ=255) cAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGcc > 3:33112/1‑109 (MQ=255) cAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGcc < 4:33112/109‑1 (MQ=255) cAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCg > 2:1079000/1‑148 (MQ=255) ttAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTaa < 3:1112661/101‑1 (MQ=255) ttAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTaa > 4:1112661/1‑101 (MQ=255) aaGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGAcgcg < 2:288909/148‑1 (MQ=255) ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGa > 3:280408/1‑97 (MQ=255) ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGa < 4:280408/97‑1 (MQ=255) ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGgccg < 2:590957/106‑1 (MQ=255) ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGgccg > 1:590957/1‑106 (MQ=255) ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCgctggc < 2:272897/114‑1 (MQ=255) ttGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCgctggc > 1:272897/1‑114 (MQ=255) tGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACg > 3:936815/1‑86 (MQ=255) tGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACg < 4:936815/86‑1 (MQ=255) tGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATg > 2:551735/1‑148 (MQ=255) actATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGa < 3:934975/146‑1 (MQ=255) aTTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGa > 3:1036126/1‑75 (MQ=255) aTTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGa < 4:1036126/75‑1 (MQ=255) tATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGTGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAg > 3:1085249/1‑148 (MQ=255) tATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGTGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAg > 1:855425/1‑148 (MQ=255) tCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGAt < 1:551735/148‑1 (MQ=255) tGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGTGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCat < 4:1085249/148‑1 (MQ=255) tGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGTGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCat < 2:855425/148‑1 (MQ=255) tGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg < 3:342061/88‑1 (MQ=255) tGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg > 4:1091709/1‑88 (MQ=255) tGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg > 4:342061/1‑88 (MQ=255) tGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg < 3:1091709/88‑1 (MQ=255) atatGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCg < 2:786443/54‑1 (MQ=255) atatGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCg > 1:786443/1‑54 (MQ=255) atGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCcga > 3:384413/1‑74 (MQ=255) atGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCcga < 4:384413/74‑1 (MQ=255) atGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAg < 2:260110/82‑1 (MQ=255) atGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAg > 1:260110/1‑82 (MQ=255) atGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTa > 2:783578/1‑126 (MQ=255) atGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTa < 1:783578/126‑1 (MQ=255) ggAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCat < 3:38686/139‑1 (MQ=255) ggAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCat > 4:38686/1‑139 (MQ=255) gAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGa < 1:1079000/148‑1 (MQ=255) cTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGc > 2:553993/1‑43 (MQ=255) cTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGc < 1:553993/43‑1 (MQ=255) ggCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGaa > 4:598693/1‑148 (MQ=255) tgctTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGa < 4:116092/123‑1 (MQ=255) tgctTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGa > 3:116092/1‑123 (MQ=255) gctTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCg > 4:1026915/1‑148 (MQ=255) tttATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAGCTGCCGGACGCTGTTGCGGTATCAATGGAAGATCata < 2:759370/111‑1 (MQ=255) tttATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAGCTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCata > 1:759370/1‑111 (MQ=255) ttATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg < 1:385232/52‑1 (MQ=255) ttATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTg > 2:385232/1‑52 (MQ=255) ttATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGAcc < 3:598693/148‑1 (MQ=255) tCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGACCGAAg > 2:973212/1‑148 (MQ=255) gAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGa > 3:1046689/1‑139 (MQ=255) gAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGa < 4:1046689/139‑1 (MQ=255) catcatTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGAt > 2:755342/1‑36 (MQ=255) catcatTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGAt < 1:755342/36‑1 (MQ=255) tcatTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGACCGAAGTGAACTAt < 3:1026915/148‑1 (MQ=255) tGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGGAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGACCGAAGTGa > 2:213284/1‑139 (MQ=255) tGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCAGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGACCGAAGTGa < 1:213284/139‑1 (MQ=255) | CTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCTGGCAAAACTGCCGGACGCGGTTGCGGTATCAATGGAAGATCATATTAATCCGAACTGTCACGGACGCTGGTTGAAAGCGACCGAAGTGAACTAT > NC_000913/93720‑94008 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |