| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,139,790 | T→A | 5.9% | A471A (GCT→GCA) | flgK → | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,139,790 | 0 | T | A | 5.9% | 492.2 / 13.7 | 134 | A471A (GCT→GCA) | flgK | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/66); new base A (4/4); total (64/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
ATGGATGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATCT > NC_000913/1139644‑1139933 | aTGGATGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCtt > 2:658602/1‑148 (MQ=255) tGGATGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCtt < 2:996987/147‑1 (MQ=255) tGGATGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCtt > 1:996987/1‑147 (MQ=255) tGGATGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTa < 2:319298/148‑1 (MQ=255) aTGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGc > 3:936510/1‑148 (MQ=255) aTTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATg < 4:984472/143‑1 (MQ=255) aTTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATg > 3:984472/1‑143 (MQ=255) aTTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCg > 3:347243/1‑148 (MQ=255) tAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGtt < 4:347243/148‑1 (MQ=255) tCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagt > 4:415353/1‑148 (MQ=255) tCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagt > 4:1079986/1‑148 (MQ=255) cACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtg > 1:729560/1‑148 (MQ=255) cACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtg > 1:569326/1‑148 (MQ=255) ccGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCg < 1:474092/140‑1 (MQ=255) 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1:553920/1‑148 (MQ=255) ctAACGAGGCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAAtg < 4:1000074/83‑1 (MQ=38) ctAACGAGGCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAAtg < 4:838032/83‑1 (MQ=38) tAACGAGGCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGa > 1:1013341/1‑148 (MQ=255) cgaggCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGt > 1:216031/1‑50 (MQ=25) cgaggCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAAt < 4:740388/148‑1 (MQ=255) gacgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATc < 2:553920/148‑1 (MQ=255) acgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGtaat < 1:7972/35‑1 (MQ=255) acgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGtaat > 2:7972/1‑35 (MQ=255) acgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAGCCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGAt > 3:6082/1‑112 (MQ=255) acgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATCt < 3:9927/148‑1 (MQ=255) cgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGa < 1:634458/129‑1 (MQ=255) cgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGa > 2:634458/1‑129 (MQ=255) | ATGGATGTATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATCT > NC_000913/1139644‑1139933 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |