| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,139,796 | C→G | 6.1% | A473A (GCC→GCG) | flgK → | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,139,796 | 0 | C | G | 6.1% | 463.2 / 16.4 | 131 | A473A (GCC→GCG) | flgK | flagellar hook‑filament junction protein 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (58/64); new base G (4/4); total (63/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATCTGCAACGTT > NC_000913/1139652‑1139941 | aTTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCg > 3:347243/1‑148 (MQ=255) tAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGtt < 4:347243/148‑1 (MQ=255) aTCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTag < 3:736762/148‑1 (MQ=255) tCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagt > 4:415353/1‑148 (MQ=255) tCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagt > 4:1079986/1‑148 (MQ=255) cACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtg > 2:702106/1‑148 (MQ=255) cACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtg > 1:729560/1‑148 (MQ=255) cACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtg > 1:569326/1‑148 (MQ=255) ccGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCg > 2:474092/1‑140 (MQ=255) ccGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtgag < 3:1079986/148‑1 (MQ=255) ccGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtgag < 3:415353/148‑1 (MQ=255) ccGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtgag < 1:702106/148‑1 (MQ=255) gaAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGata < 2:569326/148‑1 (MQ=255) gaAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGata > 4:207928/1‑148 (MQ=255) gaAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGata < 3:207928/148‑1 (MQ=255) aaGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGatat < 1:658602/148‑1 (MQ=255) aaaaTAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGta < 1:1111237/148‑1 (MQ=255) aTAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGtaata < 1:544048/148‑1 (MQ=255) aGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATaaa > 2:109335/1‑148 (MQ=255) aTGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtgag < 1:413641/128‑1 (MQ=255) gcgagcgaAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGa < 4:936510/148‑1 (MQ=255) agcgaAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTCGTGAGTGATATCGGTAATaaa > 1:321857/1‑138 (MQ=255) agcgaAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATaaa < 2:321857/138‑1 (MQ=255) gcgaAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGtt > 3:316290/1‑148 (MQ=255) agaTGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTag > 4:1097517/1‑110 (MQ=255) agaTGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTag < 3:1097517/110‑1 (MQ=255) gaTGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtgag > 2:123063/1‑113 (MQ=255) aTGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTag > 1:1060510/1‑108 (MQ=255) ggTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAgcg > 4:116480/1‑148 (MQ=255) aGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGt > 1:118404/1‑127 (MQ=255) aGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGc > 2:251419/1‑148 (MQ=255) 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aaCCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg < 4:278356/115‑1 (MQ=255) cAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAAtgtg > 1:1127453/1‑148 (MQ=255) aaCGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATgtgg < 1:109335/148‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATgtgg < 2:1127453/148‑1 (MQ=255) cAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg < 4:254949/103‑1 (MQ=255) cAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg > 3:254949/1‑103 (MQ=255) gCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg > 1:362125/1‑100 (MQ=255) gCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg < 2:362125/100‑1 (MQ=255) cccTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATc < 4:850282/86‑1 (MQ=255) cccTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATc > 3:850282/1‑86 (MQ=255) gctgGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg < 3:396319/95‑1 (MQ=255) gctgGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg > 4:396319/1‑95 (MQ=255) tCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTagtgagt < 4:908559/70‑1 (MQ=255) gCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATcagcag > 1:583088/1‑148 (MQ=255) cAAATCAACAGTAAAACGTTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg < 2:985006/85‑1 (MQ=255) cAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACcg > 1:985006/1‑85 (MQ=255) aaGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATaaa < 3:643071/79‑1 (MQ=255) aaGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAgcg < 3:42139/104‑1 (MQ=255) aaGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAgcg > 4:42139/1‑104 (MQ=255) gCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGt > 4:804012/1‑87 (MQ=255) gCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGt < 3:804012/87‑1 (MQ=255) aGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGAttt < 4:316290/148‑1 (MQ=255) aaaaCGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATca > 2:543742/1‑131 (MQ=255) aaaaCGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATca < 1:543742/131‑1 (MQ=255) aaaaCGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCg > 3:474718/1‑148 (MQ=255) aaaCGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCgg < 4:474718/148‑1 (MQ=255) ggTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAAt < 3:1084073/124‑1 (MQ=255) ggTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAAt > 4:1084073/1‑124 (MQ=255) 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aaaTCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCaa > 4:207243/1‑137 (MQ=255) aaaTCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATga > 2:845920/1‑146 (MQ=255) aaaTCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTATCAATCTCGATga < 1:845920/146‑1 (MQ=255) tttAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAAt > 3:157558/1‑132 (MQ=255) tttAACGACGCTTATGCATCGTTAGTGAGTGATATCGGtaat > 4:83704/1‑42 (MQ=255) ttAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTc > 2:921880/1‑121 (MQ=255) ttAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTc < 1:921880/121‑1 (MQ=255) ttAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTAc > 3:868848/1‑146 (MQ=255) ttAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTAc < 4:868848/146‑1 (MQ=255) ttAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACgg > 1:149021/1‑148 (MQ=255) ctAACGAGGCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAAtg > 3:838032/2‑84 (MQ=38) tAACGAGGCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGa > 1:1013341/1‑148 (MQ=255) cgaggCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGt < 2:216031/50‑1 (MQ=25) cgaggCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGt > 1:216031/1‑50 (MQ=25) cgaggCATAAGCGTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAAt < 4:740388/148‑1 (MQ=255) gacgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAAtgt > 2:1097516/1‑80 (MQ=255) gacgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATc < 2:553920/148‑1 (MQ=255) acgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAGCCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGAt < 4:6082/112‑1 (MQ=255) acgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATCt < 3:9927/148‑1 (MQ=255) cgCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGa > 2:634458/1‑129 (MQ=255) tATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAAc < 3:259937/35‑1 (MQ=255) tATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGAttt > 1:752161/1‑109 (MQ=255) tATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGAttt < 2:752161/109‑1 (MQ=255) tATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATg > 1:615737/1‑127 (MQ=255) tATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATg < 2:615737/127‑1 (MQ=255) gCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATgagtag > 2:658829/1‑129 (MQ=255) gCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATgaggag < 1:658829/129‑1 (MQ=255) cTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGt < 2:532291/98‑1 (MQ=255) cTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGt > 1:532291/1‑98 (MQ=255) | ATTAATCACCGACGAAGCGAAAATAGCGATGGCGAGCGAAGAAGATGCGGGTGATAGCGATAACCGCAACGGTCAGGCCCTGCTGGATCTGCAAAGCAACAGTAAAACGGTGGGCGGTGCGAAATCCTTTAACGACGCTTATGCCTCGTTAGTGAGTGATATCGGTAATAAAACCGCGACGTTGAAAACCAGTAGCGCCACGCAAGGTAATGTGGTGACGCAGCTTTCCAATCAGCAGCAGTCGATTTCCGGTGTCAATCTCGATGAGGAGTACGGAAATCTGCAACGTT > NC_000913/1139652‑1139941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |