| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,227,053 | G→C | 13.1% | intergenic (+85/+18) | ycgJ → / ← pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,227,053 | 0 | G | C | 13.1% | 117.0 / 8.1 | 38 | intergenic (+85/+18) | ycgJ/pliG | uncharacterized protein/periplasmic inhibitor of g‑type lysozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/17); new base C (2/3); total (18/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
TGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCG > NC_000913/1226917‑1227194 | tGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGt < 4:1131945/148‑1 (MQ=255) tcaaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACtt > 1:467659/1‑148 (MQ=255) caaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTACGACGGGGACTCTCCCCGTcataa < 4:867035/136‑5 (MQ=255) caaACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTACGACGGGGACTCTCCCCGTcataa > 3:867035/1‑132 (MQ=255) 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3:90903/1‑68 (MQ=255) tCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGACTCTCCCCGt < 4:90903/68‑1 (MQ=255) aCCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAttt < 3:789655/71‑1 (MQ=255) aCCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACAttt > 4:789655/1‑71 (MQ=255) cAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGt > 2:184428/1‑50 (MQ=255) cAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGt < 1:184428/50‑1 (MQ=255) gaggagTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGa > 2:124910/1‑72 (MQ=255) gaggagTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGa < 1:124910/72‑1 (MQ=255) ggagTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAg < 2:1014235/148‑1 (MQ=255) aCGGGGACTCTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgttttg < 2:326403/67‑1 (MQ=255) cGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgt < 2:313083/62‑1 (MQ=255) cGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAgt > 1:313083/1‑62 (MQ=255) gggAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCg < 2:467659/148‑1 (MQ=255) gTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCg > 4:482681/1‑78 (MQ=255) gTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCg < 3:482681/78‑1 (MQ=255) | TGGAAAAATCAATCAAACCACCACAAAGATGTTATTTATGTGTCGTGAGTGATGTCTTGTTTACATTATGTTCTATTCGTCATTAACCTCTTGAGCGACAGAGAGGAGTGGGGCATTAACGTTTATGACGGGGAGAGTCCCCGTCGGTTGACATTTACTTAATTTGAATATCGACGTTATATTTTTTAGTTTTGTTTTTACGGGCGTCGTTTCGGGTTTGCAACACTCGCAGCTCATATTTGCCAGAAGCAGGGAGTGAGTATTGTCCGTGACTATCG > NC_000913/1226917‑1227194 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |