| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,327,216 | A→G | 7.6% | D122G (GAT→GGT) | rluB → | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,327,216 | 0 | A | G | 7.6% | 511.9 / 23.6 | 157 | D122G (GAT→GGT) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/71); new base G (5/7); total (79/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
ACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAAC > NC_000913/1327069‑1327363 | aCAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGa < 4:856493/148‑1 (MQ=255) aaaCCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGGGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATg > 2:477395/1‑148 (MQ=255) aCCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCATCggtggt > 3:586097/1‑148 (MQ=255) 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accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTg < 3:200121/108‑1 (MQ=255) accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTg > 4:200121/1‑108 (MQ=255) accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTa > 1:1050210/1‑148 (MQ=255) accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGAGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTg < 2:903245/108‑1 (MQ=255) accGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGAGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTg > 1:903245/1‑108 (MQ=255) gATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTgg < 2:134817/113‑1 (MQ=255) gATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTgg > 1:134817/1‑113 (MQ=255) gATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTaaaa > 3:1126646/1‑148 (MQ=255) | ACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTG‑‑GCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAAC > NC_000913/1327069‑1327363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |