| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,706,745 | T→A | 5.8% | V133D (GTT→GAT) | rsxB → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative iron‑sulfur protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,706,745 | 0 | T | A | 5.8% | 255.1 / 5.4 | 69 | V133D (GTT→GAT) | rsxB | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; putative iron‑sulfur protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/32); new base A (2/2); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
AAATTGCCGAGTTGCTTAATGTCGAGCCGCAGCCGCTGGATGGCGAAGCGCAAGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATGGGATCTGAACAC > NC_000913/1706598‑1706886 | aaaTTGCCGAGTTGCTTAATGTCGAGCCGCAGCCGCTGGATGGCGAAGCGCAAGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGt < 3:309557/148‑1 (MQ=255) tAATGTCGAGCCGCAGCCGCTGGATGGCGAAGCGCAAGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGcc > 4:806568/1‑148 (MQ=255) gccgcTGGATGGCGAAGCGCAAGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg < 3:806568/148‑1 (MQ=255) aaGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATa > 1:307241/1‑120 (MQ=255) aaGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATa < 2:307241/120‑1 (MQ=255) agagATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAga < 1:781076/130‑2 (MQ=255) agagATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGt > 2:781076/1‑130 (MQ=255) tAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAAttt > 2:210608/1‑148 (MQ=255) tAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAAttt > 3:226049/1‑148 (MQ=255) aCGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg < 2:8497/120‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg > 1:8497/1‑120 (MQ=255) cGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTAtg < 4:226049/148‑1 (MQ=255) tGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAg > 2:449358/1‑117 (MQ=255) tGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAg < 1:449358/117‑1 (MQ=255) cgGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCa < 3:274243/133‑1 (MQ=255) cgGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCa > 4:274243/1‑133 (MQ=255) gCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGa < 1:210608/148‑1 (MQ=255) cGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGAtctc < 3:1131885/110‑1 (MQ=255) cGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGAtctc > 4:1131885/1‑110 (MQ=255) cGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGc < 2:585512/119‑1 (MQ=255) cGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGc > 1:585512/1‑119 (MQ=255) tgaAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTaa < 2:954881/89‑1 (MQ=255) tgaAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTaa > 1:954881/1‑89 (MQ=255) tgaAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGc < 4:1065318/109‑1 (MQ=255) tgaAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGc > 3:1065318/1‑109 (MQ=255) aaaaTAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATg > 1:559304/1‑77 (MQ=255) aaaaTAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATg < 2:559304/77‑1 (MQ=255) tGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCa > 4:600704/1‑141 (MQ=255) tGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCa < 3:600704/141‑1 (MQ=255) cTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGc < 1:833329/62‑1 (MQ=255) cTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGc > 2:833329/1‑62 (MQ=255) cTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACggg > 2:247089/1‑90 (MQ=255) cTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACggg < 1:247089/90‑1 (MQ=255) gCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGa > 2:742325/1‑148 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg < 1:199881/67‑1 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg > 2:199881/1‑67 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCAt < 4:680909/123‑1 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCAt > 3:680909/1‑123 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAaca < 4:755101/148‑1 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAaca > 3:755101/1‑148 (MQ=255) tAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAaca < 1:742325/148‑1 (MQ=255) aaaTGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTAtg > 1:36790/1‑95 (MQ=255) aaaTGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTAtg < 2:36790/95‑1 (MQ=255) aTGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCAtct < 2:708193/122‑1 (MQ=255) aTGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCAtct > 1:708193/1‑122 (MQ=255) tGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg > 2:747198/1‑63 (MQ=255) tGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATg < 1:747198/63‑1 (MQ=255) tATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACg < 3:1076783/109‑1 (MQ=255) tATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACg > 4:1076783/1‑109 (MQ=255) cAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCt > 1:737005/1‑148 (MQ=255) ggCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAaca > 1:352314/1‑136 (MQ=255) ggCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAaca < 2:352314/136‑1 (MQ=255) cGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGaa > 1:789413/1‑148 (MQ=255) cGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATGGGa < 2:737005/148‑1 (MQ=255) gTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCAtct > 3:25165/1‑103 (MQ=255) gTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCAtct < 4:25165/103‑1 (MQ=255) tAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATGGGAt < 3:264745/146‑1 (MQ=255) 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3:270824/142‑1 (MQ=255) ccATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATGGGATCTGAacac < 2:789413/148‑1 (MQ=255) cATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAAt < 3:734003/61‑1 (MQ=255) cATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAAt > 4:734003/1‑61 (MQ=255) aTCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGaa > 1:420870/1‑131 (MQ=255) aTCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGaa < 2:420870/131‑1 (MQ=255) aTCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATg < 2:266905/134‑1 (MQ=255) aTCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATg > 1:266905/1‑134 (MQ=255) ttGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATggg > 4:159402/1‑132 (MQ=255) ttGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATggg < 3:159402/132‑1 (MQ=255) | AAATTGCCGAGTTGCTTAATGTCGAGCCGCAGCCGCTGGATGGCGAAGCGCAAGAGATAACGCCTGCGCGGATGGTGGCGGTTATTGATGAAAATAACTGTATTGGCTGCACTAAATGTATTCAGGCGTGTCCGGTAGACGCCATCGTTGGCG‑CTACCCGTGCCATGCATACGGTAATGAGTGATCTCTGTACGGGCTGCAATTTATGTGTTGATCCGTGCCCGACGCACTGCATCTCGTTGCAACCGGTCGCAGAAACACCTGACTCCTGGAAATGGGATCTGAACAC > NC_000913/1706598‑1706886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |