| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,762 | T→C | 11.4% | intergenic (+369/+346) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,762 | 0 | T | C | 11.4% | 97.4 / 5.0 | 35 | intergenic (+369/+346) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/16); new base C (2/2); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
ACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGT > NC_000913/2304675‑2304858 | aCATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACg < 3:1048139/148‑1 (MQ=39) ctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa < 1:322631‑M2/39‑1 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATa > 2:322631‑M2/31‑69 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg < 1:1111835‑M2/42‑1 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg > 2:1111835‑M2/31‑72 (MQ=255) ataagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGt < 4:359513‑M2/80‑1 (MQ=255) ataagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGt > 3:359513‑M2/28‑107 (MQ=255) taagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa < 4:587065‑M2/67‑1 (MQ=255) taagacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCaa > 3:587065‑M2/27‑93 (MQ=255) gacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTgg > 4:804039‑M2/24‑59 (MQ=255) gacgcgccagcgtcgcatcaggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTgg < 3:804039‑M2/36‑1 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTg > 2:27506/1‑99 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTg < 1:27506/99‑1 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt > 4:144013/1‑116 (MQ=255) cgTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 3:144013/116‑1 (MQ=39) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt > 2:83122/1‑114 (MQ=40) tCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGt < 1:83122/114‑1 (MQ=40) cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc < 3:1028536/87‑1 (MQ=255) cTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGcc > 4:1028536/1‑87 (MQ=255) caggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGgcgta > 3:193607‑M2/6‑49 (MQ=255) caggcCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGgcgta < 4:193607‑M2/46‑3 (MQ=255) acacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtgtg > 3:152788/1‑124 (MQ=40) acacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGt > 3:88246/1‑128 (MQ=255) acacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGt < 4:88246/128‑1 (MQ=255) acacCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCATACACCGCtgtg < 4:152788/124‑1 (MQ=255) cGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCa < 3:37639/104‑1 (MQ=255) cGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCa > 4:37639/1‑104 (MQ=255) aGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa < 3:1072914/52‑1 (MQ=255) aGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCa > 4:1072914/1‑52 (MQ=255) tGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtg < 2:647219/108‑1 (MQ=255) tGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtg > 1:647219/1‑108 (MQ=255) cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc > 3:249077/1‑83 (MQ=255) cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTc < 4:249077/83‑1 (MQ=255) ccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGt > 2:116724/1‑55 (MQ=255) ccGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGt < 1:116724/55‑1 (MQ=255) ttGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCa > 4:578746/1‑78 (MQ=255) ttGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCa < 3:578746/78‑1 (MQ=255) | ACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGT > NC_000913/2304675‑2304858 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |