| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,387,587 | T→A | 5.6% | intergenic (+150/+123) | yfbM → / ← yfbN | DUF1877 family protein/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,387,587 | 0 | T | A | 5.6% | 262.3 / 5.0 | 72 | intergenic (+150/+123) | yfbM/yfbN | DUF1877 family protein/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/33); new base A (2/2); total (37/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
GACCCATTAGTTAAGATTTACGCCAGGATCATCTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGC > NC_000913/2387463‑2387732 | gACCCATTAGTTAAGATTTACGCCAGGATCATCTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGt > 4:417344/1‑125 (MQ=255)gACCCATTAGTTAAGATTTACGCCAGGATCATCTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGt < 3:417344/125‑1 (MQ=255) aGGATCATCTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCtg < 2:1024534/131‑1 (MQ=255) aGGATCATCTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCtg > 1:1024534/1‑131 (MQ=255) atcatcTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGa < 3:854416/140‑1 (MQ=255) atcatcTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGa > 4:854416/1‑140 (MQ=255) ttAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTc < 2:301325/128‑1 (MQ=255) ttAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTc > 1:301325/1‑128 (MQ=255) aTGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTtgatg < 1:313201/132‑1 (MQ=255) aTGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTtgatg > 2:313201/1‑132 (MQ=255) aTGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGaaa > 4:186861/1‑135 (MQ=255) aTGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGaaa < 3:186861/135‑1 (MQ=255) aTCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGaaa > 1:215083/1‑121 (MQ=255) aTCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGaaa < 2:215083/121‑1 (MQ=255) cTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGa < 4:698648/97‑1 (MQ=255) cTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGa < 4:399371/97‑1 (MQ=255) cTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGa > 3:399371/1‑97 (MQ=255) 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atTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGa > 2:297524/1‑110 (MQ=255) atTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGa < 1:297524/110‑1 (MQ=255) ttACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTc > 1:1122935/1‑148 (MQ=255) tACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATc > 2:1025444/1‑86 (MQ=255) tACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATc < 1:1025444/86‑1 (MQ=255) tACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCa > 2:1025774/1‑127 (MQ=255) tACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCa < 1:1025774/127‑1 (MQ=255) tAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCctc < 3:462444/67‑1 (MQ=255) tAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCctc > 4:462444/1‑67 (MQ=255) aaaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAg > 1:665968/1‑56 (MQ=255) aaaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAg < 2:665968/56‑1 (MQ=255) aaaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCa < 3:929720/76‑1 (MQ=255) aaaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCa > 4:929720/1‑76 (MQ=255) aaaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTa > 3:1010799/1‑127 (MQ=255) aaaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTa < 4:1010799/127‑1 (MQ=255) aaTGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt < 2:1122935/148‑1 (MQ=255) tgcttAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAg > 1:1032057/1‑129 (MQ=255) tgcttAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAg < 2:1032057/129‑1 (MQ=255) tgcttAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt > 1:211474/1‑142 (MQ=255) tgcttAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt < 2:211474/142‑1 (MQ=255) tAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt < 4:191494/138‑1 (MQ=255) tAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt > 3:191494/1‑138 (MQ=255) aGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTAtttt < 2:938588/148‑1 (MQ=255) cATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGcc > 3:1053598/1‑121 (MQ=255) cATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGcc < 4:1053598/121‑1 (MQ=255) cATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTAtttttt < 3:645006/145‑1 (MQ=255) cATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTAtttttt > 4:645006/1‑145 (MQ=255) aTTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACTGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt < 4:698671/131‑1 (MQ=255) aTTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGcc < 4:252100/120‑1 (MQ=255) aTTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGcc > 3:252100/1‑120 (MQ=255) aTTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt > 3:698671/1‑131 (MQ=255) ttGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTg > 4:251731/1‑65 (MQ=255) ttGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTg < 3:251731/65‑1 (MQ=255) ttGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAAc > 3:1043611/1‑82 (MQ=255) ttGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAAc < 4:1043611/82‑1 (MQ=255) tAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt > 1:710921/1‑126 (MQ=255) tAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAAtttt < 2:710921/126‑1 (MQ=255) tAAATGCAATACCGTATATTAGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTAATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATATTGGGATTATTTTTTATAACTCgt > 4:306167/1‑148 (MQ=255) cAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGa > 2:6264/1‑100 (MQ=255) cAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGa < 1:6264/100‑1 (MQ=255) aTACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGc > 3:1098369/1‑59 (MQ=255) aTACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGc < 4:1098369/59‑1 (MQ=255) aTACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGa < 1:273821/73‑1 (MQ=255) aTACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGa > 2:273821/1‑73 (MQ=255) tACCGAATATACGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGa < 1:933843/77‑1 (MQ=255) tACCGAATATACGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGa > 2:933843/1‑77 (MQ=255) tACCGAATATACGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGatt < 3:1134354/123‑1 (MQ=255) tACCGAATATACGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGatt > 4:1134354/1‑123 (MQ=255) cGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGattat < 1:842267/122‑1 (MQ=255) cGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGattat > 2:842267/1‑122 (MQ=255) cGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGc > 1:1106764/1‑148 (MQ=255) | GACCCATTAGTTAAGATTTACGCCAGGATCATCTTGAAAAAATCTTTAACCATGGTCCGGTTTTTATCCCCTTGTATAAATATTACTAAATGCTTGCTTAGTCGCATTGTTAAATGCAATACCGTATATTCGGTATGTAACAGCGATATCCTCTGTGCTGGCAACGATCTGTCATGCTTGATGAAAACGGAATTGAACCTGTCATTACCAGGTAGATAAAAAGCCTGTTCAATTTTGGGATTATTTTTTATAACTCGTGTCTGTTATGGC > NC_000913/2387463‑2387732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |