| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,744,135 | C→T | 5.9% | intergenic (+28/+48) | yfiB → / ← rplS | OM lipoprotein putative positive effector of YfiN activity/50S ribosomal subunit protein L19 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,744,135 | 0 | C | T | 5.9% | 225.0 / 3.8 | 68 | intergenic (+28/+48) | yfiB/rplS | OM lipoprotein putative positive effector of YfiN activity/50S ribosomal subunit protein L19 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/33); new base T (2/2); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
TCCACGCAGCAATCTCACCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGAC > NC_000913/2743990‑2744275 | tCCACGCAGCAATCTCACCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGgccag > 4:79895/1‑148 (MQ=255)tCCACGCAGCAATCTCACCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGgccag < 1:30352/148‑1 (MQ=255) ccacACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCctt > 3:346103/1‑148 (MQ=255) cacacaGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCcttc < 4:346103/148‑1 (MQ=255) cacaGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCcttctt > 3:79475/1‑148 (MQ=255) gggTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACa < 4:79475/148‑1 (MQ=255) cATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGgccagc > 4:221820/1‑104 (MQ=255) cATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGgccagc < 3:221820/104‑1 (MQ=255) cATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTaa > 3:790397/1‑125 (MQ=255) cATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTaa < 4:790397/125‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGgccag < 4:443768/35‑1 (MQ=255) ttAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTa > 3:193234/1‑113 (MQ=255) ttAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTa < 4:193234/113‑1 (MQ=255) ttAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGt < 4:221094/118‑1 (MQ=255) ttAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGt > 3:221094/1‑118 (MQ=255) ttAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGgt < 4:477567/132‑1 (MQ=255) ttAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCCTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGgt > 3:477567/1‑132 (MQ=255) 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gaaGGGCTGGCCAATTGGCTGGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGAc > 4:30718/2‑148 (MQ=255) aaGGGCTGGCCAATTGGCTGGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTa > 1:484345/1‑124 (MQ=255) aaGGGCTGGCCAATTGGCTGGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTa < 2:484345/124‑1 (MQ=255) aaGGGCTGGCCAATTGGCTGGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGa < 2:124006/127‑1 (MQ=255) | TCCACGCAGCAATCTCACCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGAC > NC_000913/2743990‑2744275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |