| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,744,147 | C→T | 8.4% | intergenic (+40/+36) | yfiB → / ← rplS | OM lipoprotein putative positive effector of YfiN activity/50S ribosomal subunit protein L19 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,744,147 | 0 | C | T | 8.4% | 252.8 / 12.1 | 83 | intergenic (+40/+36) | yfiB/rplS | OM lipoprotein putative positive effector of YfiN activity/50S ribosomal subunit protein L19 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/39); new base T (4/3); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGT > NC_000913/2744007‑2744286 | ccacACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCctt > 3:346103/1‑148 (MQ=255) cacacaGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCcttc < 4:346103/148‑1 (MQ=255) cacaGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCcttctt > 3:79475/1‑148 (MQ=255) gggTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACa < 4:79475/148‑1 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ccaATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGt < 4:588333/106‑1 (MQ=255) ccaATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGt < 2:893488/133‑1 (MQ=255) ccaATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGt > 1:893488/1‑133 (MQ=255) ccaAATGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGGCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGAt > 2:519878/1‑66 (MQ=255) aTTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGt < 2:526878/146‑1 (MQ=255) aTTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGt > 1:526878/1‑146 (MQ=255) tGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGc > 2:913686/1‑89 (MQ=255) tGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGc < 1:913686/89‑1 (MQ=255) | CCACACAGGGTTTAGGAAAAAAATATCCCATAGCCAGTAACAAGACCGCCCAGGGCCGCGCCGAGAACCGCCGCGTCGCAGTGGTGATTACTACCCCTTAAAACACCAGCAAACAGATAAAAAAGGGCCAGCCAATTGGCCAGCCCTTCTTAACAGGATGTCGCTTAAGCGAAATCTTAGTTAAGACGCTCTTTGATACGAGCAGCCTTACCAGTACGCTCACGCAGGTAGTACAGTTTAGCTTTACGAACAGCACCACGACGTTTGACAGAAATGCTGT > NC_000913/2744007‑2744286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |