| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,760,584 | T→G | 5.2% | L13R (CTA→CGA) | yfjJ → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,760,584 | 0 | T | G | 5.2% | 568.0 / 17.8 | 154 | L13R (CTA→CGA) | yfjJ | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/73); new base G (4/4); total (77/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGC > NC_000913/2760455‑2760728 | ggATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCaa < 4:687070/148‑1 (MQ=255) gCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTa > 2:249081/1‑148 (MQ=255) cTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTAt < 1:249081/148‑1 (MQ=255) tCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCaa < 4:989573/135‑1 (MQ=255) cATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtgatg > 4:984912/1‑148 (MQ=255) aaTATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCg > 3:1023609/1‑109 (MQ=255) aaTATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCg < 4:1023609/109‑1 (MQ=255) tatataGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCt > 2:301364/1‑101 (MQ=255) ggTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTc < 2:10253/131‑1 (MQ=255) cATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTAt < 4:650999/118‑1 (MQ=255) cATAGACACAGCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTAt > 3:650999/1‑118 (MQ=255) tAGACACATCAGAACGATCACTTACTTCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtg > 2:488851/1‑118 (MQ=255) tAGACACATCAGAACGATCACTTACTTCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtg < 1:488851/118‑1 (MQ=255) tAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGaa < 3:99170/103‑1 (MQ=255) aGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAAt > 3:188116/1‑148 (MQ=255) acacATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCaa > 2:733028/1‑145 (MQ=255) cacaTCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGAt > 2:1022357/1‑148 (MQ=255) 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GGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGC > NC_000913/2760455‑2760728 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |