| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,760,589 | C→A | 5.2% | R15R (CGG→AGG) | yfjJ → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,760,589 | 0 | C | A | 5.2% | 558.5 / 15.2 | 155 | R15R (CGG→AGG) | yfjJ | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/74); new base A (4/4); total (77/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGCTATATCT > NC_000913/2760455‑2760735 | gCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTa > 2:249081/1‑148 (MQ=255) cTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTAt < 1:249081/148‑1 (MQ=255) tCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCaa < 4:989573/135‑1 (MQ=255) cATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtgatg > 4:984912/1‑148 (MQ=255) tCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGAc > 1:549506/1‑148 (MQ=255) aaTATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCg > 3:1023609/1‑109 (MQ=255) aaTATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCg < 4:1023609/109‑1 (MQ=255) ggTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTc < 2:10253/131‑1 (MQ=255) cATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTAt < 4:650999/118‑1 (MQ=255) tAGACACATCAGAACGATCACTTACTTCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtg > 2:488851/1‑118 (MQ=255) tAGACACATCAGAACGATCACTTACTTCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtg < 1:488851/118‑1 (MQ=255) tAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGaa < 3:99170/103‑1 (MQ=255) aGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAAt > 3:188116/1‑148 (MQ=255) gACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtga > 2:172346/1‑117 (MQ=255) acacATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCaa < 1:733028/145‑1 (MQ=255) acacATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCaa > 2:733028/1‑145 (MQ=255) cAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtga > 3:649070/1‑110 (MQ=255) cAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtga < 4:649070/110‑1 (MQ=255) cAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTAc > 1:625202/1‑148 (MQ=255) gAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCaa < 3:1134946/96‑1 (MQ=255) gAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCaa > 4:1134946/1‑96 (MQ=255) aCGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTaa > 1:674398/1‑130 (MQ=255) tCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGAt > 4:1126316/1‑148 (MQ=255) cACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATc < 4:188116/148‑1 (MQ=255) cACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATc < 1:1022357/148‑1 (MQ=255) cTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTa > 1:168605/1‑122 (MQ=255) ttACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtga > 3:989492/1‑98 (MQ=255) tACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtgatg > 3:663717/1‑99 (MQ=255) tACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATCTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtgatg < 4:663717/99‑1 (MQ=255) cTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATg < 3:1126316/148‑1 (MQ=255) ccAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACt < 1:130701/119‑1 (MQ=255) ccAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGAt < 3:198713/139‑1 (MQ=255) ccAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGAt > 4:198713/1‑139 (MQ=255) ccAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGAc > 3:306352/1‑148 (MQ=255) ccAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGAc > 4:108223/1‑148 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atCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATtga < 2:1111873/88‑1 (MQ=255) atCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAAt < 4:859746/148‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGATACTATATGTCATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGc < 4:749684/134‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCaa > 3:859547/1‑72 (MQ=255) ttGGCCAGGAGACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGAGTTGATCTGc > 3:749684/1‑134 (MQ=255) tGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCa < 2:315066/70‑1 (MQ=255) tGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATa < 3:108223/148‑1 (MQ=255) 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GGATAAAAGCTTGTCATCTTGATAGGTAATATATAGGTACATAGACACATCAGAACGATCACTTACTCCAATATCATTGGCCAGGATACTATATGACATACGATAGTGAATTCGGATCACATGTATCCCTATATCGGGATAGAATCAAACAGGTTATTGATGACTCCCTAAACGAACATCTTAACTCAATGATTCTACGTGTTGATCTGCATGACCCAATTGATACAGAAAATATGGATAACCCATTCTTTCAACCCAGGGTTGACTCTGGTGCTATATCT > NC_000913/2760455‑2760735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |