| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,767,006 | A→G | 5.5% | N8S (AAC→AGC) | rnlB → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,767,006 | 0 | A | G | 5.5% | 250.4 / 3.3 | 73 | N8S (AAC→AGC) | rnlB | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/34); new base G (2/2); total (37/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
TTCTCTGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTA > NC_000913/2766874‑2767149 | ttCTCTGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCa < 2:335826/140‑1 (MQ=255)ttCTCTGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCa > 1:335826/1‑140 (MQ=255) tctcTGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAggg > 3:65235/1‑142 (MQ=255) tctcTGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAggg < 4:65235/142‑1 (MQ=255) ctGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTaaaa > 3:1111555/1‑148 (MQ=255) tGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTa > 2:986799/1‑148 (MQ=255) gAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATg < 1:986799/148‑1 (MQ=255) aTGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCg < 4:1111555/148‑1 (MQ=255) gATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGtt > 4:474213/1‑112 (MQ=255) gATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGtt < 3:474213/112‑1 (MQ=255) gCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGaa > 2:839048/1‑148 (MQ=255) cGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGt > 4:843482/1‑99 (MQ=255) cGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGt < 3:843482/99‑1 (MQ=255) gTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTga < 1:839048/148‑1 (MQ=255) ttGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGtctc > 4:898488/1‑78 (MQ=255) ttGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGtctc < 3:898488/78‑1 (MQ=255) aTGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTaa < 2:740835/69‑1 (MQ=255) aTGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTaa > 1:740835/1‑69 (MQ=255) aTGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAg < 2:1024851/77‑1 (MQ=255) aTGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAg > 1:1024851/1‑77 (MQ=255) gggTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAGCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTAt > 1:584381/1‑97 (MQ=255) gggTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAGCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTAt > 3:136619/1‑97 (MQ=255) gggTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAGCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTAt < 4:136619/97‑1 (MQ=255) gggTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAGCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTAt < 2:584381/97‑1 (MQ=255) tAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAgg < 4:1145206/73‑1 (MQ=255) tAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAgg > 3:1145206/1‑73 (MQ=255) aaaGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTa < 3:827023/92‑1 (MQ=255) aaaGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTa > 4:827023/1‑92 (MQ=255) aGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTa < 1:115722/90‑1 (MQ=255) aGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTa > 2:115722/1‑90 (MQ=255) aGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAAt > 1:214997/1‑133 (MQ=255) aGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAAt < 2:214997/133‑1 (MQ=255) gCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAgg < 1:432543/69‑1 (MQ=255) gCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAgg > 2:432543/1‑69 (MQ=255) ccACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTg > 4:309084/1‑133 (MQ=255) ccACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTg < 3:309084/133‑1 (MQ=255) ccACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTg > 4:318075/1‑148 (MQ=255) tGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGt < 3:318075/148‑1 (MQ=255) ggAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCtt < 3:1121864/98‑1 (MQ=255) ggAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCtt > 4:1121864/1‑98 (MQ=255) aatCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTAt > 1:131958/1‑70 (MQ=255) aatCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTAt < 2:131958/70‑1 (MQ=255) aaGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGt > 4:167950/1‑92 (MQ=255) aaGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGt < 3:167950/92‑1 (MQ=255) tatataTTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTc < 2:851387/89‑1 (MQ=255) tatataTTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTc > 1:851387/1‑89 (MQ=255) atatTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCgaga < 3:498188/73‑1 (MQ=255) atatTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTgaga < 4:823749/133‑1 (MQ=255) atatTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTgaga > 3:823749/1‑133 (MQ=255) atatTGGTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCgaga > 4:498188/1‑73 (MQ=255) ttGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGtt > 3:943427/1‑51 (MQ=255) ttGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTgag < 3:657525/99‑1 (MQ=255) ttGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTgag > 4:657525/1‑99 (MQ=255) ttGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTg > 3:1018522/1‑97 (MQ=255) ttGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTg < 4:1018522/97‑1 (MQ=255) ttGTTTGAAATCAACGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGtt < 4:943427/51‑1 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATg < 2:164979/50‑1 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATg > 1:164979/1‑50 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAAt > 3:420165/1‑91 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAAt < 4:420165/91‑1 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGt < 4:365216/119‑1 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGt > 3:365216/1‑119 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTga > 4:575374/1‑124 (MQ=255) ttGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTga < 3:575374/124‑1 (MQ=255) aTCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTc > 1:851040/1‑101 (MQ=255) aTCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTc < 2:851040/101‑1 (MQ=255) tCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGaa > 1:375288/1‑83 (MQ=255) tCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGaa < 2:375288/83‑1 (MQ=255) tCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCtt > 4:370976/1‑148 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCg < 1:503024/53‑1 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCg > 2:503024/1‑53 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCttttt > 1:506425/1‑136 (MQ=255) cGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCttttt < 2:506425/136‑1 (MQ=255) tAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTa > 1:812962/1‑146 (MQ=255) tAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTa < 2:812962/146‑1 (MQ=255) aCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTgg < 4:148132/99‑1 (MQ=255) aCGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTgg > 3:148132/1‑99 (MQ=255) | TTCTCTGTTCCACATGGAAACTGTGGTCGATGCCAGCCGTATGATTTCTGATATGGCCCGGTTGATGGGTAAAGCCACTAGAGCGTGGGGAATAATCAAGGACTTATATATTGTTTGAAATCACCGGAATTAACGTCTCAGGGGCTCTAAAAGCTGTCGTTATGGCGACCGGCTTCGAGAACCCTTTGTCCTCAGTTAATGAAATTGAGACGAAACTTTCTGCCCTACTGGGTAGTGAGACCACTGGTGAAATCCTTTTTGACCTCTTGTGCGCTA > NC_000913/2766874‑2767149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |