| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,866,942 | T→A | 5.5% | K204* (AAG→TAG) ‡ | rpoS ← | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,866,942 | 0 | T | A | 5.5% | 544.8 / 16.6 | 146 | K204* (AAG→TAG) ‡ | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/67); new base A (4/4); total (75/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.87e-02 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTC > NC_000913/2866800‑2867089 | tGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCtt < 4:575178/143‑1 (MQ=255)tGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCtt < 3:226200/143‑1 (MQ=255)tGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCtt > 4:226200/1‑143 (MQ=255) ccGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTg > 2:241039/1‑134 (MQ=255) ccGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTg < 1:241039/134‑1 (MQ=255) gTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTAt < 3:766777/125‑1 (MQ=255) gTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTAt > 4:766777/1‑125 (MQ=255) ttCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCtt < 1:232942/145‑1 (MQ=255) tctcTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGc > 2:881079/1‑148 (MQ=255) ctTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACt < 1:881079/148‑1 (MQ=255) ttttCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct > 2:164782/1‑138 (MQ=255) cGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATg > 1:804378/1‑148 (MQ=255) ccAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTg < 4:1091583/138‑1 (MQ=255) cAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct < 2:840174/127‑1 (MQ=255) aGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTgg < 2:1027216/137‑1 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATc < 1:631263/106‑1 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATc > 2:631263/1‑106 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTg < 4:871181/117‑1 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat < 4:573282/114‑3 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat > 3:573282/1‑112 (MQ=255) aTGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTc < 4:397273/125‑1 (MQ=255) aTGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCt > 3:102835/1‑148 (MQ=255) tCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGAATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGt < 1:644252/139‑1 (MQ=255) cAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATgg > 3:230861/1‑148 (MQ=255) aaCGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATg > 2:401249/1‑143 (MQ=255) aaCGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATg < 1:401249/143‑1 (MQ=255) aCGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTgg < 4:69151/124‑1 (MQ=255) aCGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTgg > 3:69151/1‑124 (MQ=255) 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> 2:405320/1‑97 (MQ=255) cTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTga < 1:405320/98‑2 (MQ=255) ttttCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATggg < 2:204328/139‑1 (MQ=255) ttttCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATggg > 1:347206/1‑139 (MQ=255) tggAATCACCACCCAGTGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGAtctc < 4:1034674/102‑1 (MQ=255) tggAATCACCACCCAGTGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGAtctc > 3:1034674/2‑103 (MQ=255) cGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGc < 4:1027862/148‑1 (MQ=255) caccacCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATg > 4:485928/1‑127 (MQ=255) caccacCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATg < 3:485928/127‑1 (MQ=255) caccacCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCg < 1:849873/148‑1 (MQ=255) accaccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACg < 1:1035875/138‑1 (MQ=255) caccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCAt < 2:233414/111‑1 (MQ=255) caccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCAt > 3:284670/1‑111 (MQ=255) 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tcatcaACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTc < 3:794056/147‑1 (MQ=255) catcaACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGc > 1:60629/1‑86 (MQ=255) tcaACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACg > 2:621236/1‑74 (MQ=255) tcaACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTg > 1:821065/1‑140 (MQ=255) caACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCa > 2:1078931/1‑84 (MQ=255) caACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCa < 1:1078931/84‑1 (MQ=255) caACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAAt < 1:696554/115‑1 (MQ=255) cTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGc > 2:393508/1‑148 (MQ=255) ggCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATc < 1:1055646/111‑1 (MQ=255) cTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTc < 4:765162/88‑1 (MQ=255) tATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCgg < 2:1005972/109‑1 (MQ=255) tATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCgg > 1:1005972/1‑109 (MQ=255) tATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGCATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTc > 2:293658/1‑148 (MQ=255) | TGCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTC > NC_000913/2866800‑2867089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |