| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,866,944 | T→G | 5.5% | D203A (GAT→GCT) | rpoS ← | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,866,944 | 0 | T | G | 5.5% | 536.7 / 19.5 | 145 | D203A (GAT→GCT) | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/66); new base G (4/4); total (75/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
CCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTC > NC_000913/2866818‑2867089 | ccGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTg > 2:241039/1‑134 (MQ=255) gTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTAt < 3:766777/125‑1 (MQ=255) ttCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCtt < 1:232942/145‑1 (MQ=255) tctcTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGc > 2:881079/1‑148 (MQ=255) ttttCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct > 2:164782/1‑138 (MQ=255) ttttCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct < 1:164782/138‑1 (MQ=255) cGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATg > 1:804378/1‑148 (MQ=255) ccAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTg > 3:1091583/1‑138 (MQ=255) cAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct > 1:840174/1‑127 (MQ=255) cAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct < 2:840174/127‑1 (MQ=255) cAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTcc < 1:333683/148‑1 (MQ=255) aGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTgg < 2:1027216/137‑1 (MQ=255) aGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTgg > 1:1027216/1‑137 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATc < 1:631263/106‑1 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTg > 3:871181/1‑117 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTg < 4:871181/117‑1 (MQ=255) ggATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat > 3:573282/1‑112 (MQ=255) aTGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTc > 3:397273/1‑125 (MQ=255) aTGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTc < 4:397273/125‑1 (MQ=255) aTGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCt > 3:102835/1‑148 (MQ=255) aTGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCt > 2:849873/1‑148 (MQ=255) tCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCAGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGATCATGGt > 2:644252/1‑139 (MQ=255) 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cGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTAt < 1:665649/140‑1 (MQ=255) cGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTAt > 2:665649/1‑140 (MQ=255) cGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGCGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCACGAACTGGCTTATc > 3:902208/1‑93 (MQ=255) cTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTga > 2:405320/1‑97 (MQ=255) tttttCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCa < 4:102835/148‑1 (MQ=255) ttttCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATggg > 1:204328/1‑139 (MQ=255) ttttCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATggg < 2:204328/139‑1 (MQ=255) ttttCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCAc > 3:1027862/1‑148 (MQ=255) tggAATCACCACCCAGTGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGAtctc < 4:1034674/102‑1 (MQ=255) caccacCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATg < 3:485928/127‑1 (MQ=255) caccacCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCg < 1:849873/148‑1 (MQ=255) accaccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACg > 2:1035875/1‑138 (MQ=255) accaccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACg < 1:1035875/138‑1 (MQ=255) caccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCAt > 3:284670/1‑111 (MQ=255) caccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCAt > 1:233414/1‑111 (MQ=255) caccCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCAt < 2:233414/111‑1 (MQ=255) cccAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTAt < 1:1007810/73‑1 (MQ=255) cccAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTAt > 2:1007810/1‑73 (MQ=255) cccAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat > 2:130070/1‑80 (MQ=255) cccAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat < 1:130070/82‑3 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |