| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,031,221 | T→A | 13.1% | intergenic (‑290/‑146) | ygfT ← / → uacT | putative oxidoreductase, Fe‑S subunit/nucleotide‑binding subunit/uric acid permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,031,221 | 0 | T | A | 13.1% | 180.2 / 18.4 | 61 | intergenic (‑290/‑146) | ygfT/uacT | putative oxidoreductase, Fe‑S subunit/nucleotide‑binding subunit/uric acid permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/27); new base A (4/4); total (30/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
TCAAAAGAGCGCTATCCAGATAAAAACGATTAAATGCGAGAGTGCGACATGCCAGAATGATTAATGAAATATCAATATGAGAAAATTACAGATAATTCCATTGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCTTTTTACTCTGGCGGGCGAAAGGA > NC_000913/3031091‑3031357 | tCAAAAGAGCGCTATCCAGATAAAAACGATTAAATGCGAGAGTGCGACATGCCAGAATGATTAATGAAATATCAATATGAGAAAATTACAGATAATTCCATTGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGAt < 2:1072749/148‑1 (MQ=255) agagCGCTATCCAGATAAAAACGATTAAATGCGAGAGTGCGACATGCCAGAATGATTAATGAAATATCAATATGAGAAAATTACAGATAATTCCATTGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCt < 3:1033751/148‑1 (MQ=255) aTAAAAACGATTAAATGCGAGAGTGCGACATGCCAGAATGATTAATGAAATATCAATATGAGAAAATTACAGATAATTCCATTGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGtc > 1:451899/1‑148 (MQ=255) tAAAAACGATTAAATGCGAGAGTGCGACATGCCAGAATGATTAATGAAATATCAATATGAGAAAATTACAGATAATTCCATTGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGtct < 2:451899/148‑1 (MQ=255) 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ttGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTg > 2:788475/1‑94 (MQ=255) cAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCa < 2:987309/93‑1 (MQ=255) cAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCa > 1:987309/1‑93 (MQ=255) cAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACg > 4:1034654/1‑100 (MQ=255) cAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACg < 3:1034654/100‑1 (MQ=255) gTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTg < 3:498495/87‑1 (MQ=255) gTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTg > 4:498495/1‑87 (MQ=255) ttctcttctcATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGtt < 3:1003483/115‑1 (MQ=255) 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ttttCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCtt > 2:489326/1‑126 (MQ=255) ttttCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCTTTTTACTCTGGCGGGCGAAAGga < 1:112317/148‑1 (MQ=255) ttttCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCTTTTTACTCTGGCGGGCGAAAGga > 3:1016555/1‑148 (MQ=255) aatCGTGGTTAAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCtt > 1:733581/3‑125 (MQ=255) aatCGTGGTTAAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCtt < 2:733581/123‑1 (MQ=255) atCGTGGTTAAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCAtgtg > 1:694589/2‑91 (MQ=255) atCGTGGTTAAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCAtgtg < 2:694589/90‑1 (MQ=255) atCGTGGTTAAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCAtgtg > 1:453284/2‑91 (MQ=255) atCGTGGTTAAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCAtgtg < 2:453284/90‑1 (MQ=255) ttAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAg > 4:1020508/1‑88 (MQ=255) ttAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAg < 3:1020508/88‑1 (MQ=255) | TCAAAAGAGCGCTATCCAGATAAAAACGATTAAATGCGAGAGTGCGACATGCCAGAATGATTAATGAAATATCAATATGAGAAAATTACAGATAATTCCATTGTCAGGTTCTCTTCTCATTTTCGTGGTTTAACCACGATTATGTGATTGCCTCCGCAATTCCTGTCTCTAACTCCCCTTCCTCGCAAAAACTGGCACTCCACGAGCATGTGTTTAGACAGTTTCATTAACGTAAACGGTTGCTTTTTACTCTGGCGGGCGAAAGGA > NC_000913/3031091‑3031357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |