| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,172,436 | T→G | 7.4% | intergenic (‑225/‑94) | ygiZ ← / → mdaB | inner membrane protein/NADPH quinone reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,172,436 | 0 | T | G | 7.4% | 188.6 / 7.8 | 54 | intergenic (‑225/‑94) | ygiZ/mdaB | inner membrane protein/NADPH quinone reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/25); new base G (2/2); total (27/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.46e-01 | |||||||||||
ATCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCAACGGCGCGAAAAAA > NC_000913/3172301‑3172565 | aTCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTc > 4:430459/1‑142 (MQ=255)aTCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTc < 3:430459/142‑1 (MQ=255) ccAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTaa > 2:550934/1‑134 (MQ=255) ccAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTaa < 1:550934/134‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCaa > 1:434228/1‑148 (MQ=255) atTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGa > 2:1004575/1‑128 (MQ=255) atTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGa < 1:1004575/128‑1 (MQ=255) tCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGa < 1:469545/148‑1 (MQ=255) tGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg < 2:565/111‑1 (MQ=255) tGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg > 1:565/1‑111 (MQ=255) cAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCt > 3:15691/1‑104 (MQ=255) cAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCt < 4:15691/104‑1 (MQ=255) gTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCAACGGCGCGaaaaaa < 2:434228/148‑1 (MQ=255) aaGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCaaa < 2:264836/88‑1 (MQ=255) aaGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCaaa > 1:264836/1‑88 (MQ=255) tCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACtat < 1:299264/74‑1 (MQ=255) tCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACtat > 2:299264/1‑74 (MQ=255) cAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTaaaaat < 1:538041/106‑2 (MQ=255) cAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTaaaaaa > 2:538041/1‑106 (MQ=255) agtcTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAg < 4:109611/106‑1 (MQ=255) agtcTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAg > 3:109611/4‑109 (MQ=255) gACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg > 3:704082/1‑93 (MQ=255) gACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg < 4:704082/93‑1 (MQ=255) aCTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGa < 4:1056296/106‑1 (MQ=255) aCTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGa > 3:1056296/1‑106 (MQ=255) cTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTAt > 3:31972/1‑121 (MQ=255) cTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTAt < 4:31972/121‑1 (MQ=255) tttGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCa < 4:1118765/121‑1 (MQ=255) tttGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCa > 3:1118765/1‑121 (MQ=255) | ATCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCAACGGCGCGAAAAAA > NC_000913/3172301‑3172565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |