| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,172,439 | A→T | 7.7% | intergenic (‑228/‑91) | ygiZ ← / → mdaB | inner membrane protein/NADPH quinone reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,172,439 | 0 | A | T | 7.7% | 180.5 / 5.8 | 52 | intergenic (‑228/‑91) | ygiZ/mdaB | inner membrane protein/NADPH quinone reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/24); new base T (2/2); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
ATCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCAACGGCGCGAAAAAA > NC_000913/3172301‑3172565 | aTCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTc > 4:430459/1‑142 (MQ=255)aTCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTc < 3:430459/142‑1 (MQ=255) cAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAtttt > 2:638529/1‑144 (MQ=255) cAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACAtttt < 1:638529/144‑1 (MQ=255) aaCGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAAt > 3:1097431/1‑148 (MQ=255) ttattCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACtt > 4:828092/1‑122 (MQ=255) ttattCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACtt < 3:828092/122‑1 (MQ=255) ttCCGGTGCGAGTAAGCATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTATCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCaaa > 1:745011/1‑113 (MQ=255) ttCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTa > 1:406385/1‑144 (MQ=255) ttCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTa < 2:406385/144‑1 (MQ=255) ttCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTATCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCaaa < 2:745011/113‑1 (MQ=255) gCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACt < 4:1135203/111‑1 (MQ=255) gCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACt > 3:1135203/1‑111 (MQ=255) aaTTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACtata > 3:468800/1‑148 (MQ=255) tATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTc < 4:468800/148‑1 (MQ=255) tATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTc < 4:1097431/148‑1 (MQ=255) tATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCaaa < 1:1126756/135‑1 (MQ=255) tATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCaaa > 2:1126756/1‑135 (MQ=255) tttCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAg < 1:122445/118‑1 (MQ=255) tttCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAg > 2:122445/1‑118 (MQ=255) tttCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGtct < 1:178624/131‑1 (MQ=255) tttCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGtct > 2:178624/1‑131 (MQ=255) 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1:1004575/128‑1 (MQ=255) atTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGa > 2:1004575/1‑128 (MQ=255) tCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGa < 1:469545/148‑1 (MQ=255) tGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg > 1:565/1‑111 (MQ=255) tGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg < 2:565/111‑1 (MQ=255) cAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCt < 4:15691/104‑1 (MQ=255) cAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCt > 3:15691/1‑104 (MQ=255) 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(MQ=255) agtcTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAg > 3:109611/4‑109 (MQ=255) gACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg > 3:704082/1‑93 (MQ=255) gACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTg < 4:704082/93‑1 (MQ=255) aCTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGa > 3:1056296/1‑106 (MQ=255) aCTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGa < 4:1056296/106‑1 (MQ=255) cTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTAt < 4:31972/121‑1 (MQ=255) cTTTTGCGAATTTAGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTAt > 3:31972/1‑121 (MQ=255) tttGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCa > 3:1118765/1‑121 (MQ=255) tttGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCa < 4:1118765/121‑1 (MQ=255) aaaTTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACAt < 4:613794/104‑1 (MQ=255) aaaTTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACAt > 3:613794/1‑104 (MQ=255) | ATCCCCAAAAAAACCGAACCAAACGTGTAAATTATTCCGGTGCGAGTAAGAATTATGAGGAATGGCTATCAGTATTGTCATTTTCAGAAAATATTTATCCTGCATCGGTGAGTCAGAGTAAGATCAGACTTTTGCTAAATTCGCAAAAGACTTTGCACATTTTGCTAATTTCACCGTACCGCTCTGTGACGTACTATAGTCGGCAAACGTCTCACCTTGAGGTTAAAAAATGAGCAACATCCTGATTATCAACGGCGCGAAAAAA > NC_000913/3172301‑3172565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |