| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,202,678 | C→G | 10.6% | P263R (CCG→CGG) | cca → | fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'‑cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,202,678 | 0 | C | G | 10.6% | 192.2 / 10.3 | 56 | P263R (CCG→CGG) | cca | fused tRNA nucleotidyl transferase/2'3'‑cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase and phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/26); new base G (3/3); total (27/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCGGCCCCTGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAA > NC_000913/3202538‑3202765 | tCCGGCCCCTGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGag > 1:532954/1‑147 (MQ=255) ggCCCCTGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAActc > 4:562517/1‑148 (MQ=255) ccccTGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTg < 1:603983/148‑1 (MQ=255) tGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGcgg < 2:532954/148‑3 (MQ=255) tGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAActct < 1:101592/143‑1 (MQ=255) tGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAActct > 2:101592/1‑143 (MQ=255) tGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAActc < 4:184952/135‑1 (MQ=255) tGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAActc > 3:184952/1‑135 (MQ=255) cATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatg < 4:769405/148‑1 (MQ=255) cATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatg < 3:562517/148‑1 (MQ=255) aaaTCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggtcatgg > 3:302872/1‑148 (MQ=255) cGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCggg < 4:302872/148‑1 (MQ=255) tCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggtca > 1:103797/1‑129 (MQ=255) tCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggtca < 2:103797/129‑1 (MQ=255) aTACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCggg < 2:795460/139‑1 (MQ=255) aTACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCggg > 1:795460/1‑139 (MQ=255) aCCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAg > 3:312577/1‑148 (MQ=255) aCCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAg < 4:312577/148‑1 (MQ=255) ttAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggt < 3:559913/120‑1 (MQ=255) ttAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCAtcatggt > 4:559913/1‑120 (MQ=255) ttAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTgg > 2:962878/1‑148 (MQ=255) tAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCTGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCcgcg > 1:1055371/1‑109 (MQ=255) tAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTg < 4:97687/103‑1 (MQ=255) tAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTg > 3:97687/1‑103 (MQ=255) tAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGa < 1:962878/148‑1 (MQ=255) tAATGACGCTCTCAATGGCGGAGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCACCTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCcgcg < 2:1055371/109‑1 (MQ=255) aCGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa < 2:739173/133‑1 (MQ=255) aCGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa > 1:739173/1‑133 (MQ=255) cAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtgt > 3:347990/1‑124 (MQ=255) cAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaac < 2:794575/141‑1 (MQ=255) cAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaac > 1:794575/1‑141 (MQ=255) cAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGCCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtgt < 4:347990/124‑1 (MQ=255) tGCTGAGTCTGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGcgg > 4:481543/1‑81 (MQ=38) tGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCGGCCAGAGTTCTGGcgg < 3:481543/83‑3 (MQ=39) gTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAGAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcgg > 4:703942/1‑99 (MQ=255) gTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCCCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcgg < 3:703942/99‑1 (MQ=255) ccGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtgt < 2:126972/104‑1 (MQ=255) ccGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtgt > 1:126972/1‑104 (MQ=255) cAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtg > 2:139389/1‑100 (MQ=255) cAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGgtg < 1:139389/100‑1 (MQ=255) tCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTAt > 1:625172/1‑117 (MQ=255) tCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTAt < 2:625172/117‑1 (MQ=255) gTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGcc > 4:895419/1‑82 (MQ=255) gTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGcc < 3:895419/82‑1 (MQ=255) ccGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcggcg > 1:973220/1‑85 (MQ=255) ccGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCcggcg < 2:973220/85‑1 (MQ=255) ttCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCaaa > 3:790565/1‑128 (MQ=255) ttCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCaaa < 4:790565/128‑1 (MQ=255) cAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa < 2:690150/98‑1 (MQ=255) cAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGaacaa > 1:690150/1‑98 (MQ=255) tATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCggg > 2:600041/1‑73 (MQ=255) tATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCggg < 1:600041/73‑1 (MQ=255) aCGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGtt < 2:344119/71‑1 (MQ=255) aCGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGtt > 1:344119/1‑71 (MQ=255) aCGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa > 3:985794/1‑72 (MQ=255) aCGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTa < 4:985794/72‑1 (MQ=255) | TCCGGCCCCTGCCAAGTGGCATCCGGAAATCGATACGGGTATTCATACCTTAATGACGCTCTCAATGGCGGCGATGCTGAGTCCGCAGGTCGATGTCCGTTTCGCAACTTTATGCCACGATCTCGGTAAAGGGCTGACGCCGCCAGAACTCTGGCCGCGTCATCATGGTCATGGCCCGGCGGGTGTTAAGTTAGTGGAACAACTATGCCAGCGTCTGCGCGTGCCAAA > NC_000913/3202538‑3202765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |