| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,276,890 | G→A | 14.0% | intergenic (+37/‑112) | garD → / → prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,276,890 | 0 | G | A | 14.0% | 111.9 / 11.3 | 43 | intergenic (+37/‑112) | garD/prlF | D‑galactarate dehydrogenase/antitoxin of the SohA(PrlF)‑YhaV toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/18); new base A (4/2); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
CGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACT > NC_000913/3276769‑3277033 | cGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAg < 1:182428/122‑1 (MQ=255)cGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAg > 2:182428/1‑122 (MQ=255) agaagaaAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa < 4:40583/116‑1 (MQ=255) agaagaaAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa > 3:40583/1‑116 (MQ=255) ttCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTAt < 1:500217/114‑1 (MQ=255) ttCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTAt > 2:500217/1‑114 (MQ=255) cGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATtaat > 3:838316/1‑136 (MQ=255) cGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATAGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATtaat < 4:838316/136‑1 (MQ=255) aTCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTTCCTCGCAAAACATGGCACTAAGGCCATGt > 4:936490/1‑101 (MQ=255) aTGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCtt > 3:517460/1‑148 (MQ=255) ggggCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa > 2:996114/1‑91 (MQ=255) ggggCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCa < 1:996114/91‑1 (MQ=255) gggCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCtt > 1:438174/1‑144 (MQ=255) gggCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCtt < 2:438174/144‑1 (MQ=255) gCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTg > 4:5101/1‑96 (MQ=255) gCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTg < 3:5101/96‑1 (MQ=255) tAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTAt > 4:82942/1‑91 (MQ=255) tAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTAt < 3:82942/91‑1 (MQ=255) cAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAAtgcatt < 2:55513/121‑1 (MQ=255) cAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAAtgcatt > 1:55513/1‑121 (MQ=255) gCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGc < 4:517460/148‑1 (MQ=255) cGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCACTAAGGCCATGtt > 2:143593/1‑75 (MQ=38) aaCCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCtt > 4:841714/1‑117 (MQ=255) aaCCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCtt < 3:841714/117‑1 (MQ=255) aCCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCa > 1:521799/1‑122 (MQ=255) aCCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCa < 2:521799/122‑1 (MQ=255) cGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGccc < 3:445743/80‑1 (MQ=255) cGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGccc > 4:445743/1‑80 (MQ=255) cGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCa < 2:506637/113‑1 (MQ=255) cGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCa > 1:506637/1‑113 (MQ=255) tttGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCAAATGCATTattaa > 4:951731/1‑87 (MQ=255) tttGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCAAATGCATTattaa < 3:951731/91‑5 (MQ=255) aaCATGGCACTAAGGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTa < 4:917918/73‑1 (MQ=37) aaCATGGCACTAAGGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAg < 1:468980/118‑1 (MQ=255) aaCATGGCACTAAGGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAg > 2:468980/1‑118 (MQ=255) aaCATGGCACTAAGGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCAc > 1:109466/1‑148 (MQ=255) aTGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATaa > 4:1003650/1‑84 (MQ=255) aTGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATaa < 3:1003650/84‑1 (MQ=255) cTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCt > 2:803838/1‑98 (MQ=255) cTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCt < 1:803838/98‑1 (MQ=255) cTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACt > 1:456737/1‑148 (MQ=255) ttAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGa < 2:790620/112‑1 (MQ=255) ttAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGa > 1:790620/1‑112 (MQ=255) tAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAg > 4:1035287/1‑93 (MQ=255) tAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAg < 3:1035287/93‑1 (MQ=255) | CGCCAGCGGGAAGAAGAAAACCTTCTCGGATCAATGGGGGCTGCATAACCAGCTGGCGGTGTTTAACCCGGCACCGGTGACCTGATTTCTTTTGGAACGTCCCTCGCAAAACATGGCCTTAGTGCCATGTTTTTATTGTTTAAAGCCCCCACGTCCATTAATAATGCATTTGCATTACCTTAGTTCAAGCTTATAATTTGAGCAGAAAACAGGCTGTAAAAGGACAGTGAATCATGCCCGCTAATGCTCGCTCTCACGCTGTACT > NC_000913/3276769‑3277033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |