| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,451,410 | T→A | 8.3% | N92I (AAT→ATT) | rplW ← | 50S ribosomal subunit protein L23 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,451,410 | 0 | T | A | 8.3% | 415.0 / 23.2 | 120 | N92I (AAT→ATT) | rplW | 50S ribosomal subunit protein L23 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/55); new base A (5/5); total (60/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
AAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCT > NC_000913/3451275‑3451553 | aaaaGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCcttctt > 1:925828/1‑148 (MQ=255) cTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCcttct < 1:906386/135‑1 (MQ=255) cTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCcttct > 2:906386/1‑135 (MQ=255) tgCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGc < 2:925828/148‑1 (MQ=255) tCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCttt < 4:114108/145‑1 (MQ=255) tCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCttt > 3:114108/1‑145 (MQ=255) cAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGATGACGTAAg < 3:69333/140‑1 (MQ=255) ggTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAg < 2:502473/148‑1 (MQ=255) aCCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTcc > 1:523627/1‑141 (MQ=255) aCCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTcc < 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cgacCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTc < 3:266719/98‑1 (MQ=255) cgacCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTcc < 4:604764/148‑1 (MQ=255) cGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTc > 3:1007446/1‑93 (MQ=255) tttACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCa > 4:551569/1‑82 (MQ=255) tttACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCa < 3:551569/82‑1 (MQ=255) tttACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGt > 1:604725/1‑106 (MQ=255) ttACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCACCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTcc < 1:534710/102‑1 (MQ=255) ttACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCACCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTcc > 2:534710/1‑102 (MQ=255) cATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTc > 2:152734/1‑65 (MQ=255) cATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTc < 1:152734/65‑1 (MQ=255) tttAACAACTGTCAGTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGCCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCttt > 4:364635/1‑92 (MQ=255) tttAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTacga > 4:906170/1‑108 (MQ=255) tttAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCGTTTTTCCAGTCGCTacga < 3:906170/108‑1 (MQ=255) tttAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGCCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCttt < 3:364635/92‑1 (MQ=255) ttAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACgacgac > 4:154260/1‑111 (MQ=255) ttAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACgacgac < 3:154260/111‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3451275‑3451553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |