| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,208,205 | G→A | 5.6% | G61D (GGT→GAT) | ttdT → | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,208,205 | 0 | G | A | 5.6% | 382.4 / 8.5 | 121 | G61D (GGT→GAT) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/62); new base A (2/5); total (54/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
GAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCATACTCTCTCCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGGAGCAGCTCGCTCAGCCAGGCTTTAAATTCACTGCAAAATCCCTCTCGTGGGCCGTTTCCGGTTTTTCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGC > NC_000913/3207941‑3208478 | gAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCcatc < 2:630882/275‑1 (MQ=255) gaaaTCACCCCACCCGGGAGCCTCACCCCTCCCGTTTTACGCAGGACTAGACCGGTGAAACTCTCCACTGCGTGGTGTCGATATTTTGCGCCACCGGGGGCCATCGCCATTATTGCTCTCCGTCCGGTTCCCGCAAGGCTGGAGAACCCTTCCTGGCGCTACTGTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCGCGAATACGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTAAATACATCATCGCTATATTCTCTCCCTGGCTGCTGtg < 4:235138/274‑2 (MQ=255) aaTAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCCTCATCGCCATCCTCCCTCCCTGGCTGCTGTTc > 2:338615/1‑274 (MQ=255) gagtcgcACCCCTCCCGTTTTTCGCAGGCATAACACGTTGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCGGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCATACTCTCTCCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGGAGCAgctcg < 4:309286/269‑1 (MQ=255) 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tCGCAGGCATAACACGATGAGACCTTCCCGTGAATGGTGGAGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTGGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCAAACCCGTGCCGGGTGCCGGGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCATACTCTCTCCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGGAGCAGCTCGCTCAGCCAGGCTTTAAATTCa < 1:111519/275‑1 (MQ=255) tCGAAGGCAAAAACCGATGAAACCTTCCACTGAAGGGTGGCGATATCTTGGCGCGCTGGCGTTCATGGCCATTTTTGCGCTACTTCCGGTTCCGGCAGGGCTGAGAAACCATACCTGGCTCTACTTGGCGGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATAATCGCCATACTCTCTCCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGGAGCAGCTCGCTCAGCCAGGCTTTAAATTCa < 4:338613/275‑1 (MQ=255) tCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGTGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTTGCGATGGTGGGTATATCCATCATCCCCATACTCTCCTCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGAAGCAGCTCGCTCAGCCAGGCTTACAATTCACTGCAAAATCCCTCTCGTGGGcctt > 2:107100/1‑273 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |