| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,208,210 | T→C | 5.8% | S63P (TCC→CCC) | ttdT → | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,208,210 | 0 | T | C | 5.8% | 395.5 / 9.7 | 121 | S63P (TCC→CCC) | ttdT | L‑tartrate/succinate antiporte |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/62); new base C (2/5); total (54/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-02 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCATACTCTCTCCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGGAGCAGCTCGCTCAGCCAGGCTTTAAATTCACTGCAAAATCCCTCTCGTGGGCCGTTTCCGGTTTTTCTAATTCGGTTATCTGGCTGATTTTCGCCGCCTTTATGTTTGGCACAGGCTATGAAAAAACCGGGCTTGGACGCCGCATTGCGCTGATTCTGGTGAAAAAGATGGGACATCGCACGCTGTTTCTCGGCTATGCGGTGATGTTCTCCGAGCTGATCCTCGC > NC_000913/3207941‑3208478 | gAAGAGATCTGCGAGCACGTCCATTACATCAAATAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCcatc < 2:630882/275‑1 (MQ=255) gaaaTCACCCCACCCGGGAGCCTCACCCCTCCCGTTTTACGCAGGACTAGACCGGTGAAACTCTCCACTGCGTGGTGTCGATATTTTGCGCCACCGGGGGCCATCGCCATTATTGCTCTCCGTCCGGTTCCCGCAAGGCTGGAGAACCCTTCCTGGCGCTACTGTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCGCGAATACGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTAAATACATCATCGCTATATTCTCTCCCTGGCTGCTGtg < 4:235138/274‑2 (MQ=255) aaTAACCCTCCCGGAGAGGCTCACCCCTCTCCTTTTTCGCAGGCATAACACGATGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCCGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCCTCATCGCCATCCTCCCTCCCTGGCTGCTGTTc > 2:338615/1‑274 (MQ=255) gagtcgcACCCCTCCCGTTTTTCGCAGGCATAACACGTTGAAACCTTCCACTGAATGGTGGCGATATCTTGCGCGGCTGGCGGTCATCGCCATTATTGCTCTACTTCCGGTTCCCGCAGGGCTGGAGAACCATACCTGGCTCTACTTTGCCGTTTTTACTGGCGTGATCGTTGGACTGATCCTCGAACCCGTGCCGGGTGCCGTGGTGGCGATGGTGGGTATATCCATCATCGCCATACTCTCTCCCTGGCTGCTGTTCAGCCCGGAGCAgctcg < 4:309286/269‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |