| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 464,358 | 0 | T | G | 5.1% | 564.7 / 15.9 | 167 | intergenic (+50/‑44) | ybaV/fadM | putative competence‑suppressing periplasmic helix‑hairpin‑helix DNA‑binding protein/long‑chain acyl‑CoA thioesterase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/78); new base G (4/6); total (83/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
CCGGCGAAAGCCAGTGACGAAGAAGGCACCCGGGTCAGCATTAATAATGCCAGCGCGGAAGAGCTAGCCCGCGCGATGAATGGCGTTGGCCTGAAGAAAGCGCAGGCGATTGTCAGTTATCGCGAAGAGTACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGGATGGGTTGGAAAATAGCGACAGTTTTCAGTGGATGACGGCCCATAACATCGCCTTCGTCGTGGTCAATATCAATATTAACTATCGTCGCCCAGCGGTATTAAGTGACCTGTTAACTATTACCAGTCAGTTGCAG > NC_000913/464087‑464632 | ccGGCGAAAGCCAGTGACGAAGAAGGCACCCGGGTCAGCATTAATAATGCCAGCGCGGAAGAGCTAGCCCGCGCGATGAATGGCGTTGGCCTGAAGAAAGCGCAGGCGATTGTCAGTTATCGCGAAGAGTACGGTCCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTAt > 2:63916/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |