| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,991,334 | T→A | 5.5% | I61N (ATT→AAT) ‡ | cyaA → | adenylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,991,334 | 0 | T | A | 5.5% | 964.5 / 30.7 | 270 | I61N (ATT→AAT) ‡ | cyaA | adenylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (130/125); new base A (4/11); total (134/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.66e-03 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CGAAATATCCCGAATGCCGCGTGTTACCGTTGATGTTGGCGGAATCACAGTCATGACGGGTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCAAAGTTGTTCCTCTGACCTGGATATCTGGGTCTGTCATCAATCCTGGCTCGATAGCGAAGAGCGCCAATTGCTACAACGTAAATGTAGCCTGCTGGAAAACTGGGCCGCCTCGCTGGGTGT > NC_000913/3991072‑3991598 | cGAAATATCCCGAATGCCGCGTGTTACCGTTGATGTTGGCGGAATCACAGTCATGACGGGTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTacac > 2:481435/1‑275 (MQ=255) cgTGTTACCGTTGATGTTGGCGGAATCACAGTCATGACGGGTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAAGGTTCCCAAAGGCATTTGCCGTTACACGCCTGCTGAAACTCAACGc > 2:95250/1‑275 (MQ=255) gATGTTGGGGGAACCACAGTCATGACGGGTAGCAAATCAGGGGATACGTCTTGTACCTTGATATTGCGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGaa < 4:373936/274‑1 (MQ=255) ataggagacagcaGTAATGCAGGGTAGCAAATCATGCGATACGTCTTGTACATCTAGATTGAGAATCTGAAACATAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACAGTGTTTCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGc < 4:510794/263‑1 (MQ=255) cGGGTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAtt < 4:27725/208‑1 (MQ=255) gggTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTATATAATGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTc < 2:61695/275‑1 (MQ=255) ggTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTACTGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTTATGAAACTCAACGCCACTACCTGAAc > 2:510796/1‑248 (MQ=255) gCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATACATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTACTGCTATGGGGCCTGCCTTCCAACCGGTCTCCAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCCTCCGCTAATGCCGGGTTACCTTTCTGGTACCATTCCCAACGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAAAGCCACTACCTGAACGAGCt > 2:456066/1‑240 (MQ=255) taagTCTTGTACCGTCAAATTGATATTCGGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTATACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGaa < 4:456064/237‑1 (MQ=255) tGAGACGCTTAAACAGAGACTGGATGCCATAAAGCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTg < 1:219997/275‑1 (MQ=255) agaCTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTACCAACGGCATTTCCCTTTACACGCCTGATGACACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATTGTGGAATGTCCGTACAGGATCCGACGAAAGGGGAGCTTCCAATTACTGgt > 2:246036/1‑275 (MQ=255) aCTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACTTTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGCTGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTTTTGAAACTCAACGACACTACCTTAACGACCTCTAACTGTAACGTGGAATGCCAATCCAGGCTNNNCCCAAACTGGAGCATCCCATTaacggggt > 3:227702/1‑268 (MQ=255) ctctGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCACTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTAcc > 4:138268/1‑201 (MQ=255) 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aTAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAAATGCCtttg < 7:187875/149‑2 (MQ=255) tAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTa > 5:47930/1‑148 (MQ=255) tAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAAATGCCtttgg < 8:552398/149‑3 (MQ=255) tAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAAATGCCtttg < 6:141772/148‑2 (MQ=255) tAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAAATGCCtttg < 5:672258/148‑2 (MQ=255) tCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACg > 5:580403/1‑148 (MQ=255) aaTTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCt > 8:188015/1‑139 (MQ=255) aaTTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGcc < 5:292565/148‑1 (MQ=255) aaTTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCt > 8:302105/1‑149 (MQ=255) aTTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACGGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAggg < 4:212720/274‑1 (MQ=255) 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tATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCt > 8:385641/1‑149 (MQ=255) cACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTAt < 1:128300/108‑1 (MQ=255) cACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTcc < 7:862857/149‑1 (MQ=255) cGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCAAAGTTGTTCCTCTGACCTGGATATCTGGGTCTGTACTTAATCCTGGCTCGTAACTCAAGAGCCACAATTGCTACAACCTAAGTGTaac > 4:598036/1‑273 (MQ=255) gCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTg > 8:787424/1‑149 (MQ=255) gCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTg < 7:771570/149‑1 (MQ=255) cTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTg < 6:580403/148‑1 (MQ=255) cTAATGCCAGGTTAACTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCATTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGGGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTa < 4:709525/145‑1 (MQ=255) tAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCGTTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTgg < 5:126341/148‑1 (MQ=255) tGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACt < 4:401587/143‑1 (MQ=255) ccGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGaa > 1:48751/1‑100 (MQ=255) aacgTTACCATCAAGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAAc > 7:326622/4‑87 (MQ=255) gggTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTg < 2:22016/140‑1 (MQ=255) ttACCATCAAGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCa > 7:545149/1‑149 (MQ=255) ccTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATgg < 7:363432/149‑1 (MQ=255) ccTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATgg > 8:355549/1‑149 (MQ=255) cTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATggg > 8:372110/1‑149 (MQ=255) cTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATggg > 7:121205/1‑149 (MQ=255) ttGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGgc > 7:163470/1‑149 (MQ=255) tGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTAAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTgg > 5:907009/1‑132 (MQ=255) gTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCAcc < 8:121205/149‑1 (MQ=255) aaCGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTa < 5:163048/121‑1 (MQ=255) cGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAgg < 6:768897/92‑1 (MQ=255) 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aaGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAgg > 6:297611/1‑148 (MQ=255) cATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCaa > 5:814714/1‑148 (MQ=255) tttGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCAAAg < 6:814714/148‑1 (MQ=255) | CGAAATATCCCGAATGCCGCGTGTTACCGTTGATGTTGGCGGAATCACAGTCATGACGGGTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCAAAGTTGTTCCTCTGACCTGGATATCTGGGTCTGTCATCAATCCTGGCTCGATAGCGAAGAGCGCCAATTGCTACAACGTAAATGTAGCCTGCTGGAAAACTGGGCCGCCTCGCTGGGTGT > NC_000913/3991072‑3991598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |