| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,130,008 | 0 | T | C | 5.9% | 562.5 / 17.2 | 170 | I58I (ATT→ATC) | metL | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/84); new base C (6/4); total (81/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.27e-02 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
GGTATTGAAGATGGCGAAGATTTAATTGCCGACCTGGAAAATGGCTTCCGGGCTGCAAACAAGGGGTAAAAATGAGTGTGATTGCGCAGGCAGGGGCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGATGTCTGCGGTACTTAATCAACAAGGGCTGCCAG > NC_000913/4129764‑4130276 | ggTATTGAAGATGGCGAAGATTTAATTGCCGACCTGGAAAATGGCTTCCGGGCTGCAAACAAGGGGTAAAAATGAGTGTGATTTCGCAGGCATGGGCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATTGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACTAGTTTATTAACTTGTTGCAACTAAGCCAGACCGATCgc > 4:518974/1‑274 (MQ=255) 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tggtggTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGACAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTgaaga < 5:338325/148‑1 (MQ=255) gtggtTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGaagaag < 5:627190/148‑1 (MQ=255) tttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGAt < 7:807201/113‑1 (MQ=255) ttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTg < 5:458835/115‑1 (MQ=255) ttCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTg > 6:458835/1‑115 (MQ=255) tCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAg < 8:296918/149‑1 (MQ=255) 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GGTATTGAAGATGGCGAAGATTTAATTGCCGACCTGGAAAATGGCTTCCGGGCTGCAAACAAGGGGTAAAAATGAGTGTGATTGCGCAGGCAGGGGCGAAAGGTCGTCAGCTGCATAAATTTGGTGGCAGTAGTCTGGCTGATGTGAAGTGTTATTTGCGTGTCGCGGGCATTATGGCGGAGTACTCTCAGCCTGACGATATGATGGTGGTTTCCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGATGTCTGCGGTACTTAATCAACAAGGGCTGCCAG > NC_000913/4129764‑4130276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |