| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 72,205 | T→G | 5.4% | intergenic (+90/+24) | yabI → / ← thiQ | DedA family inner membrane protein/thiamine/thiamine pyrophosphate ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 72,205 | 0 | T | G | 5.4% | 526.9 / 15.2 | 152 | intergenic (+90/+24) | yabI/thiQ | DedA family inner membrane protein/thiamine/thiamine pyrophosphate ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (74/69); new base G (3/6); total (77/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTG‑TTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGCCGGATCGAGCGCAGAGAACGGTTCATCGAGCAAT > NC_000913/71933‑72475 | tgCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTG‑TTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCa > 2:317804/1‑275 (MQ=255) 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ggCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCAtt < 5:494903/120‑1 (MQ=255) gCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGCGCCTAAGCACTCGCCTTATCGCTCAACAACTCATTGGCTATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCCACTACTACCGAGCCCGTGGCGCTCCGCCCCGCATCTTTCACGCTGTGCGAACCCACCAATAGCGTCATTTCTTGCTGCTGGCAGCCCGTGGTCACCAGCGCCAACATCCCCGGACGTAACGc > 4:502956/1‑275 (MQ=255) ccTACAAACCGACCTACCCGTAGGTCGGATAAGGCCTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCAAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGcc < 2:18612/275‑1 (MQ=255) cTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGa > 7:3932/1‑137 (MQ=255) 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cGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCACTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGCCGGATCGAGCGCAGAGAACGGTTCATCGAGCAAt > 2:136175/1‑274 (MQ=255) gTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGcgccgc < 8:277159/149‑1 (MQ=255) | TGCTGGCGGTTATGGCGCAGCGGTAAAGCGACTGACCGTTTGAGTCATTATTTGTCCCGCGGTCGTTTG‑TTGTGGCTGACGCCGTTGATTTCTGCCATCGGCGTGGTGGCGCTGGTGGTGTTAATTCGCCACCCGTTGATGCCGGTGTATATCGATATTTTGCGTAAAGTGGTTGGGGTTTAGGAGATAGTCTTGTGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAAAACGCACTACCCGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACAGTGCATACTAACCCGTAATCCCCAATAGTGCCGAAGCACTCGCCTTACCGCTCAACAACTCATTGGTCATACCCTGCCAGGCGATGCGCCCGTCGGCGACTACTACCGAGCGCGTGGCGATCCGCGCCGCATCTTCCACGCTGTGCGACACCATCAATAGCGTCATTTTTTGCTGCTGGCAGCTCGTGCTCACCAGCGTCAACATCTCCTGACGTAACGCCGGATCGAGCGCAGAGAACGGTTCATCGAGCAAT > NC_000913/71933‑72475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |