| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,285,190 | T→A | 6.3% | L18I (TTA→ATA) | narJ → | molybdenum‑cofactor‑assembly chaperone delta subunit of nitrate reductase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,285,190 | 0 | T | A | 6.3% | 549.9 / 21.4 | 159 | L18I (TTA→ATA) | narJ | molybdenum‑cofactor‑assembly chaperone delta subunit of nitrate reductase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/77); new base A (6/4); total (77/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-04 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GAGATGTACCGTTATCTGGCGATTGCTAACTACGAAGATCGCTTTGTGGTGCCGAGTAGTCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCGTGGCCGCGCCACGTCACTGTTGCTGTTTGAACATGTGCACGGCGAATCCCGCGACCGCGGCCAGGCGATGGTGGACCTGCTGGCGCAGTACGAGCAGCACGGCTTGCAGTTA > NC_000913/1284927‑1285453 | gagaTGTACCGTTATCTGGCGATTGCTAACTACGAAGATCGCTTTGTGGTGCCGAGTAGTCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCCTGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCAGATGCTGCCTTATGgcagcac > 1:230587/1‑274 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tGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCGTg < 1:60143/192‑1 (MQ=255) cgcgTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGa < 5:314788/148‑1 (MQ=255) cgcgTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCGTGGCCGCGCCACGTCACTGTTGCTGTTTGAACATGTGCACGGCGAATCCCGCGACCGCGGCCAGGCGATGGTGGACCTGCTGGCGCAGTACGag > 2:171205/1‑275 (MQ=255) tctcCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCATCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGTTTGCCGCCTCTAAAAATCTGc > 4:123192/1‑80 (MQ=255) tctcCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGa < 7:509006/90‑1 (MQ=255) 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tCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTAc < 6:768834/148‑1 (MQ=255) tCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACa < 7:471203/149‑1 (MQ=255) ccGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCGTGGCCGCGCCACGTCACTGTTGCTGTTTGAACATGTGCACGGCGAATCCCGCGACCGCGGCCAGGCGATGGTGGACctgct > 2:234255/1‑245 (MQ=255) cGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAg < 5:103860/148‑1 (MQ=255) gATGCTGCCATAAGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGa > 8:479230/1‑149 (MQ=255) agtctgcCTTATGGCGGCATCAACAAGGGAGGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCGTGGCCGCGCCACGTCACTGTTGCTGTTTGAACATGTGCACGGCGAATCCCGCGACCGCGGCCAGGCGATGGTGGACCTGCTGGCGCAGTACGAGCAGCACGGCt < 4:264313/261‑1 (MQ=255) aTGCTGCCATAAGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGa > 6:426570/1‑148 (MQ=255) tgctgcCATAAGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAAc > 8:629587/1‑149 (MQ=255) gctgcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACt > 8:406190/1‑149 (MQ=255) tgcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGt > 8:708036/1‑149 (MQ=255) gcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGt > 6:226382/1‑148 (MQ=255) ttATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCACATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGa < 7:511331/149‑1 (MQ=255) | GAGATGTACCGTTATCTGGCGATTGCTAACTACGAAGATCGCTTTGTGGTGCCGAGTAGTCATCGTGAACTGGCACGGGAAGCCTTCCCGGAGAAAAATGGCTGCGGCTTTACCTTTGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGCTGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCGACCGTGGCCGCGCCACGTCACTGTTGCTGTTTGAACATGTGCACGGCGAATCCCGCGACCGCGGCCAGGCGATGGTGGACCTGCTGGCGCAGTACGAGCAGCACGGCTTGCAGTTA > NC_000913/1284927‑1285453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |