| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,712,338 | A→T | 5.2% | intergenic (+180/‑431) | nth → / → dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,338 | 0 | A | T | 5.2% | 697.0 / 18.6 | 192 | intergenic (+180/‑431) | nth/dtpA | DNA glycosylase and apyrimidinic (AP) lyase (endonuclease III)/dipeptide and tripeptide permease A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (95/87); new base T (6/4); total (101/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-02 | |||||||||||
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGTATTATTGAAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTT > NC_000913/1712074‑1712611 | ttATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGCATTATTGCAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAACACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTCTCATCAGGTAATCCGTTTGCGGACAACCAAAAAAGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATATCGAACATTTCAATTAATTGGAGAACAAGATCCCGAtc > 4:9400/1‑274 (MQ=255) 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TTATACCTGCATTGCCCGCAAGCCCCGCTGTGGCTCTTGTATTATTGAAGATCTTTGTGAATACAAAGAGAAAGTTGACATCTGAAGAAAAGGGGTAACACCGATTACCCCATTGATAACCTTTCTTTATCCTCTTTTAAAACATCTTTTTAACGTCAATGATGCCATTGCTTAGCGTTATCATCAGGTAATCCGTTTGCGGATAACCAAAAATGCAGGTTAATTGTTTTTTTAATAGCGAAATTTTCTATTCATTCGTGATCAAGATCACGATGCTGTCGCAATGTAAAAACATTGCAAGAATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCATCACCCCCCTCTCAGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTT > NC_000913/1712074‑1712611 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |