| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,263,217:2 | +T | 5.4% | intergenic (+135/+31) | pspG → / ← qorA | phage shock protein G/quinone oxidoreductase, NADPH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,263,217 | 2 | . | T | 5.4% | 316.3 / 11.3 | 74 | intergenic (+135/+31) | pspG/qorA | phage shock protein G/quinone oxidoreductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (40/30); new base T (2/2); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
CTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGACATCGACCTTAATCACACC > NC_000913/4263070‑4263364 | cTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTGTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAaaagaa‑‑a < 3:364694/149‑1 (MQ=255) tGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAaaagaa‑‑a < 2:539755/148‑1 (MQ=255) tACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCtt > 2:98154/1‑148 (MQ=255) tAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCa > 3:804443/1‑149 (MQ=255) aaGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCa > 1:903147/1‑148 (MQ=255) aGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAgg > 4:628164/1‑149 (MQ=255) gggATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTcc > 2:433291/1‑144 (MQ=255) gggATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTcc < 1:433291/144‑1 (MQ=255) gggATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAgg > 1:597605/1‑148 (MQ=255) gATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTgg < 3:329967/149‑1 (MQ=255) aTTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGa < 3:579178/149‑1 (MQ=255) tgCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGcc < 4:546254/149‑1 (MQ=255) ggATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTa > 3:80838/1‑149 (MQ=255) atgatCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTAt > 2:233306/1‑148 (MQ=255) atCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCt < 4:804443/149‑1 (MQ=255) tCACAACCTAAGTTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGCATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCATGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGCTGGAAGCCCTATTTCtt > 4:765118/1‑149 (MQ=255) cacaACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAAATAGGGCTTccacct > 4:128668/1‑129 (MQ=255) cacaACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAAATAGGGCTTccacct < 3:128668/133‑5 (MQ=255) 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> 3:436063/1‑149 (MQ=255) cTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAgg > 1:527041/1‑125 (MQ=255) cTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAgg < 2:527041/125‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTc > 4:373532/1‑119 (MQ=255) tAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTc < 3:373532/119‑1 (MQ=255) tAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGa > 1:785657/1‑148 (MQ=255) aaGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGaa > 2:528967/1‑148 (MQ=255) ggTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATca > 3:330202/1‑149 (MQ=255) tttATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATcagc < 2:785657/148‑1 (MQ=255) tttATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATcagc > 2:843861/1‑148 (MQ=255) tttATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATcagc < 1:761073/148‑1 (MQ=255) cTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTgg < 4:330202/149‑1 (MQ=255) 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aaaTCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGaa < 4:436063/149‑1 (MQ=255) aaaTCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGaa < 3:18571/149‑1 (MQ=255) aTCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAAtc > 4:438855/1‑149 (MQ=255) tGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAAtctc < 1:528967/148‑1 (MQ=255) cACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAaaagaa‑‑a > 4:282038/1‑65 (MQ=255) cACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAaaagaa‑‑a < 3:282038/65‑1 (MQ=255) 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cTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCtgctgc > 2:906076/1‑148 (MQ=255) atacaGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCgg < 1:98154/148‑1 (MQ=255) aGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGAc < 1:906076/148‑1 (MQ=255) aGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGACa < 3:782141/149‑1 (MQ=255) gCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGACa > 1:62583/1‑148 (MQ=255) 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2:62583/148‑1 (MQ=255) aa‑‑agGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGACATCGACCTTAATCacac > 2:707978/1‑148 (MQ=255) a‑‑agGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGACATCGACCTTAATCACAcc > 2:683367/1‑148 (MQ=255) | CTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGATAATCAAATCTGTCACTATTGCGCCTCTAACAGATTCATCGTGCTGTACCCTACATACAGCCGAACTATAAAAAGAA‑‑AGGGCTTCCCAGGTGGAAGCCCTATTTCTTTTATGGAATCAGCAGGCTGGAACCTTGCGTCGCCCGGCTTTCCAGAATCTCATGCGCACGCTGCGCATCCTTCAGCGGATATTTCTGCTGCTCGGCGACATCGACCTTAATCACACC > NC_000913/4263070‑4263364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |