| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 958,769 | C→G | 8.5% | intergenic (+28/‑43) | serC → / → aroA | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 958,769 | 0 | C | G | 8.5% | 365.4 / 20.2 | 106 | intergenic (+28/‑43) | serC/aroA | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase/5‑enolpyruvylshikimate‑3‑phosphate synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/52); new base G (4/5); total (49/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTA > NC_000913/958625‑958913 | cTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCAcagccag > 1:906819/1‑148 (MQ=255) gAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACagccagcc > 2:352883/1‑148 (MQ=255) gAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCt > 3:597094/1‑149 (MQ=255) aaaGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCtg > 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gAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAGTCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCgcgc > 4:794507/1‑149 (MQ=255) ttttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTa > 4:457190/1‑149 (MQ=255) ttGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTCTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTAtt < 3:794507/149‑1 (MQ=255) cTTAATCCCCATAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCaa > 3:782950/1‑122 (MQ=255) cTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCaa < 4:782950/122‑1 (MQ=255) aaccccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATgg > 3:192652/3‑94 (MQ=255) aaccccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATgg < 4:192652/92‑1 (MQ=255) aaccccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcg > 4:220582/3‑149 (MQ=255) ccccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTggcggc < 4:677738/149‑1 (MQ=255) cccACAGGCTGGCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCa > 3:444059/1‑149 (MQ=255) cccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCa > 3:190713/1‑149 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCa > 2:618488/1‑148 (MQ=255) ccACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt > 4:696206/1‑149 (MQ=255) cacaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCAt > 2:386722/1‑148 (MQ=255) acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTa < 4:597094/149‑1 (MQ=255) acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTa > 4:347477/1‑149 (MQ=255) acaGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTa < 4:244211/149‑1 (MQ=255) | CTGAAAGGTCACCGTGTGGTCGGCGGAATGCGCGCTTCTATTTATAACGCCATGCCGCTGGAAGGCGTTAAAGCGCTGACAGACTTCATGGTTGAGTTCGAACGCCGTCACGGTTAATGCCGAAATTTTGCTTAATCCCCACAGCCAGCCTGTGGGGTTTTTATTTCTGTTGTAGAGAGTTGAGTTCATGGAATCCCTGACGTTACAACCCATCGCTCGTGTCGATGGCACTATTAATCTGCCCGGTTCCAAGAGCGTTTCTAACCGCGCTTTATTGCTGGCGGCATTA > NC_000913/958625‑958913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |