| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,443,803 | G→A | 5.5% | P251P (CCG→CCA) | ydbH → | putative membrane‑anchored protein, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,443,803 | 0 | G | A | 5.5% | 360.0 / 8.3 | 108 | P251P (CCG→CCA) | ydbH | putative membrane‑anchored protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/56); new base A (3/3); total (49/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ACTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACTGAGTG > NC_000913/1443659‑1443951 | cTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGc > 2:56669/1‑148 (MQ=255) cTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCa > 4:415599/1‑149 (MQ=255) cTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCACGGCAAAtc > 4:769712/1‑148 (MQ=255) tGTAAGTGGGTATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTa 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cTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCgg > 4:227824/1‑149 (MQ=255) cTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCgg > 3:353275/1‑149 (MQ=255) tCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGga > 4:46025/1‑149 (MQ=255) gATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGgacg > 4:615497/1‑149 (MQ=255) gATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGgacg > 4:648187/1‑149 (MQ=255) aaTTTGCCACGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAg < 2:423675/69‑1 (MQ=255) aaTTTGCCACGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAg > 1:423675/2‑70 (MQ=255) aTTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTgg < 4:259423/138‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGgacgac < 2:69983/148‑1 (MQ=255) ttGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACt < 3:46025/149‑1 (MQ=255) | ACTTCCTGTAAGTGGGCATGCTACTGCGACGTTAAACTTGCCGCAGGAACCGTCACTGGTGGATGCCGAGCTGGACTGGCAGGAAAATAGCGGGCAATTGATCGTGCTGGCACGGGATAACGGCGATCCGTTGCTCGATTTGCCGTGGCAAATTACTCGTCAACAATTGACCGTAAGCGATGGTCGCTGGAGCTGGCCGTATGCAGGTTTTCCTTTGAGTGGCCGACTGGGTGTCAAAGTCGACAACTGGCAGGCAGGGCTTGAGAACGCTCTGGTCAGCGGACGACTGAGTG > NC_000913/1443659‑1443951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |